关于plotting confidence intervals,有很多答案。
我正在阅读Lourme A. et al (2016)的论文,我想从论文中提取90%的置信边界和10%的异常点,如图2所示:。
library("MASS")
library(copula)
set.seed(612)
n <- 1000 # length of sample
d <- 2 # dimension
# random vector with uniform margins on (0,1)
u1 <- runif(n, min = 0, max = 1)
u2 <- runif(n, min = 0, max = 1)
u = matrix(c(u1, u2), ncol=d)
Rg <- cor(u) # d-by-d correlation matrix
Rg1 <- ginv(Rg) # inv. matrix
# round(Rg %*% Rg1, 8) # check
# the multivariate c.d.f of u is a Gaussian copula
# with parameter Rg[1,2]=0.02876654
normal.cop = normalCopula(Rg[1,2], dim=d)
fit.cop = fitCopula(normal.cop, u, method="itau") #fitting
# Rg.hat = fit.cop@estimate[1]
# [1] 0.03097071
sim = rCopula(n, normal.cop) # in (0,1)
# Taking the quantile function of N1(0, 1)
y1 <- qnorm(sim[,1], mean = 0, sd = 1)
y2 <- qnorm(sim[,2], mean = 0, sd = 1)
par(mfrow=c(2,2))
plot(y1, y2, col="red"); abline(v=mean(y1), h=mean(y2))
plot(sim[,1], sim[,2], col="blue")
hist(y1); hist(y2)
参考即可。 Lourme,A.,F。Maurer(2016)在风险管理框架中测试Gaussian和Student's t copulas。经济模型。
问题。有人可以帮助我并在等式中解释变量v=(v_1,...,v_d)
和G(v_1),..., G(v_d)
吗?
我认为v
是非随机矩阵,维度应为{k} 2 $(网格点)d=2
(维度)。例如,
axis_x <- seq(0, 1, 0.1) # 11 grid points
axis_y <- seq(0, 1, 0.1) # 11 grid points
v <- expand.grid(axis_x, axis_y)
plot(v, type = "p")
答案 0 :(得分:4)
所以,你的问题是关于向量nu
和相应的G(nu)
。
nu
是一个简单的随机向量,它来自任何具有域(0,1)的分布。 (这里我使用均匀分布)。由于您希望样本为2D,因此单个nu
可以是nu = runif(2)
。鉴于上述解释,G
是一个高斯pdf,其均值为0,协方差矩阵为Rg
。 (Rg在2D中的尺寸为2x2)。
现在该段落的内容是:如果您有一个随机样本nu
,并且您希望从Gamma
得出它,并给出维度d
和置信度alpha
然后,您需要计算以下统计信息(G(nu) %*% Rg^-1) %*% G(nu)
并检查其是否低于d
和alpha
的Chi ^ 2分布的pdf。
例如:
# This is the copula parameter
Rg <- matrix(c(1,runif(2),1), ncol = 2)
# But we need to compute the inverse for sampling
Rginv <- MASS::ginv(Rg)
sampleResult <- replicate(10000, {
# we draw our nu from uniform, but others that map to (0,1), e.g. beta, are possible, too
nu <- runif(2)
# we compute G(nu) which is a gaussian cdf on the sample
Gnu <- qnorm(nu, mean = 0, sd = 1)
# for this we compute the statistic as given in formula
stat <- (Gnu %*% Rginv) %*% Gnu
# and return the result
list(nu = nu, Gnu = Gnu, stat = stat)
})
theSamples <- sapply(sampleResult["nu",], identity)
# this is the critical value of the Chi^2 with alpha = 0.95 and df = number of dimensions
# old and buggy threshold <- pchisq(0.95, df = 2)
# new and awesome - we are looking for the statistic at alpha = .95 quantile
threshold <- qchisq(0.95, df = 2)
# we can accept samples given the threshold (like in equation)
inArea <- sapply(sampleResult["stat",], identity) < threshold
plot(t(theSamples), col = as.integer(inArea)+1)
红点是你要保留的点(我在这里绘制所有点)。
至于绘制决策边界,我认为它有点复杂,因为你需要计算nu
的确切对,以便(Gnu %*% Rginv) %*% Gnu == pchisq(alpha, df = 2)
。这是一个为Gnu
解决的线性系统,然后应用反向以使nu
处于决策边界。
编辑:再次阅读该段落,我注意到,Gnu的参数不会改变,只是Gnu <- qnorm(nu, mean = 0, sd = 1)
。
编辑:存在一个错误:对于阈值,您需要使用分位数函数qchisq
而不是分发函数pchisq
- 现在已在上面的代码中进行了更正(和更新了数字)。
答案 1 :(得分:1)
这有两个部分:首先,计算copula值作为X和Y的函数;然后,绘制曲线,给出copula超过阈值的边界。
计算该值基本上是@drey已经回答的线性代数。这是一个重写版本,因此copula由一个函数给出。
cop1 <- function(x)
{
Gnu <- qnorm(x)
Gnu %*% Rginv %*% Gnu
}
copula <- function(x)
{
apply(x, 1, cop1)
}
绘制边界曲线可以使用与here相同的方法完成(后者又是教科书“现代应用统计与S”和“统计学习元素”使用的方法)。创建一个值网格,并使用插值找到给定高度的轮廓线。
Rg <- matrix(c(1,runif(2),1), ncol = 2)
Rginv <- MASS::ginv(Rg)
# draw the contour line where value == threshold
# define a grid of values first: avoid x and y = 0 and 1, where infinities exist
xlim <- 1e-3
delta <- 1e-3
xseq <- seq(xlim, 1-xlim, by=delta)
grid <- expand.grid(x=xseq, y=xseq)
prob.grid <- copula(grid)
threshold <- qchisq(0.95, df=2)
contour(x=xseq, y=xseq, z=matrix(prob.grid, nrow=length(xseq)), levels=threshold,
col="grey", drawlabels=FALSE, lwd=2)
# add some points
data <- data.frame(x=runif(1000), y=runif(1000))
points(data, col=ifelse(copula(data) < threshold, "red", "black"))