Question

我正在尝试在没有root的Solaris服务器上编译samtools。 Samtools依赖于zlib。此计算机上的系统zlib未使用大文件支持进行编译，因此针对此版本编译samtools具有预期效果：samtools仅处理小文件。我需要它能够处理大文件。幸运的是，管理员在/usr/local/apps/zlib-1.2.5/中编译了一个zlib版本，支持大文件。我可以通过向CFLAGS添加-R /usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib来编译，但这似乎不起作用。症状如下：

当我尝试运行samtools时，它会因此错误而崩溃：

ld.so.1: samtools: fatal: relocation error: file samtools: symbol gzopen64: referenced symbol not found

如果我将/usr/local/apps/zlib-1.2.5/添加到LD_LIBRARY_PATH，那么samtools可以正常工作。

使用ldd和readelf分析samtools会产生以下结果：

$ ldd -r samtools
        libnsl.so.1 =>   /usr/lib/libnsl.so.1
        libsocket.so.1 =>        /usr/lib/libsocket.so.1
        libresolv.so.2 =>        /usr/lib/libresolv.so.2
        libm.so.2 =>     /usr/lib/libm.so.2
        libcurses.so.1 =>        /usr/lib/libcurses.so.1
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so
        libc.so.1 =>     /usr/lib/libc.so.1
        libmp.so.2 =>    /usr/lib/libmp.so.2
        libmd.so.1 =>    /usr/lib/libmd.so.1
        libscf.so.1 =>   /usr/lib/libscf.so.1
        libdoor.so.1 =>  /usr/lib/libdoor.so.1
        libuutil.so.1 =>         /usr/lib/libuutil.so.1
        libgen.so.1 =>   /usr/lib/libgen.so.1
        symbol not found: gzopen64              (samtools)

$ ldd -s samtools

   ...(snip)...

   find object=libz.so; required by samtools
    search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)
    trying path=/usr/lib/libz.so
        libz.so =>       /usr/lib/libz.so

   ...(snip)...

$ readelf -d samtools | grep RPATH
 0x0000000f (RPATH)                      Library rpath: [/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib:/usr/local/apps/gcc-4.5.1/lib]

所以/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib显然在二进制文件的RPATH中，我理解应该在运行时搜索共享库。但是，ldd -s表示从不搜索此目录。将此路径添加到LD_LIBRARY_PATH并重新运行ldd命令会产生预期的效果：搜索目录并找到正确的libz版本。

那么如何在不使用LD_LIBRARY_PATH的情况下强制samtools在运行时搜索/usr/local/apps/zlib-1.2.5/lib？

编辑：文档here似乎表明-R选项是正确的选择。但它不起作用。

Answer 1

我绝不是Solaris专家，但这一行：

find object=libz.so; required by samtools
 search path=/usr/lib:/usr/openwin/lib:/usr/dt/lib:/usr/local/lib  (LD_LIBRARY_PATH)

似乎向我表明LD_LIBRARY_PATH已经设置，并且其中的/usr/lib路径优先于任何运行时链接程序路径。你是否可以取消设置LD_LIBRARY_PATH，如果它确实存在并查看是否能解决它？

运行时链接程序忽略solaris上的可执行文件中的RPATH

1 个答案: