问题：R Studio中的工作目录“卡在”包含打开的R Markdown文件的目录中

Question

我正在使用最新版本的R（3.3.2），在MacOS Sierra（10.12.3）上运行最新版本的RStudio（1.0.136）。我遇到了一个问题，我的工作目录对应，并且卡在了，包含我目前在RStudio中打开的.RMD文件的目录。打开文件后，工作目录正确设置为包含.Rproj文件的目录。但是，当我使用相对于该目录的路径加载文件时，我收到一个错误，即当前工作目录中没有此类文件，并且该错误将.RMD文件的位置作为该工作目录返回。

然而（使用getwd()）工作目录仍会读取工作目录假设的位置，无论我在哪里尝试设置它，我仍然会得到相同的错误我尝试读取文件时的消息。值得注意的是，我没有收到工作目录无法更改的错误消息 - R告诉我工作目录已更改，该目录据称是当前的工作目录......但事实并非如此。

我已经完全尝试（据我所知）卸载R和R工作室并重新安装它们，但无济于事。有没有人有办法解决吗？这令我感到沮丧，因为我必须修改笔记本中的所有相对路径，我已经定义了这些路径来完成我的工作。

如果有相关信息，请提供额外信息：我从Time Machine备份中恢复，我怀疑它可能已经被破坏了;我的Applications文件夹中的一些内容丢失了，我不得不手动移动。这会导致这个问题吗？在与我可能期待的文件系统交互时，R依赖于其他系统文件吗？我试图避免进行干净的操作系统安装或零碎地重建我的文件，因为我不知道这是否真的是问题。

提前致谢！

Answer 1

这是一个已知的feature/bug RStudio笔记本（工作目录大约有一半）。笔记本在与文件相同的目录中执行。正如@Simon Jackson所说，您可以使用knitr::opts_knit$set(root.dir = normalizePath())进行更改。