Question

我开发了一个Shiny Dashboard，我有几个数据框可以通过反应式文件阅读器等导入。我还添加了一个“Generate PDF”按钮，在我的ui.R代码中使用了downloadButton（）。我的server.R代码实现downloadHandler（）来处理该请求。

在我的Windows桌面上，这一切都很完美。我想让它在我设置的Linux服务器上运行。当然，我必须修改一些路径，Shiny Server在此框中以root身份运行。当我单击Linux服务器上运行的站点上的“生成PDF”按钮时，我几乎立即收到HTTP 500错误。我自己在Linux服务器上手动编译了pdfReport.Rmd文件，它运行得很好。

我猜两件事之一：

不知何故，数据在Linux机器上的传递方式与在Windows桌面上传递的方式不同。这可能不太可能，但这是可能的。
我的路径出了问题，所以当写入临时文件开始生成PDF时，系统没有能力或者没有路径来写文件。可能我的downloadHandler（）代码在某种程度上是畸形的。我认为这比＃1更有可能。

这是我的downloadHandler（）代码：

output$pdfReport <- downloadHandler(
  # For PDF output, change this to "report.pdf"
  filename = reactive({paste0("/srv/shiny-server/itpod/","ITPOD-",Sys.Date(),".pdf")}),

  content = function(file) {
    # Copy the report file to a temporary directory before processing it, in
    # case we don't have write permissions to the current working dir (which
    # can happen when deployed).

    tempReport <- file.path("/srv/shiny-server/itpod", "pdfReport.Rmd")
    file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

    params <- list(ilp=updateILP(), ico=updateICO(), sec=updateSecurity(), ppwc=updateWorkPreviousPeriodCompleted(),
                   pow=updateOngoingWorkCABApproved(), pwcr=updatePlannedWorkCABRequested(), epca=updateEmergencyChangesPendingCABApproval(),
                   fac=updateFacilities(), drs=updateDRStatus(), ov=updateOperationalEvents(), sl=updateStaffLocations(),
                   w = updateWeather())

    # Knit the document, passing in the `params` list, and eval it in a
    # child of the global environment (this isolates the code in the document
    # from the code in this app).
    rmarkdown::render(tempReport, output_file = file, params = params, envir = new.env(parent = globalenv())
    )
  }
)

我想也许这条路径不可写，所以我尝试将其更改为/ tmp，但这也不起作用。我发现，当我点击“生成PDF”按钮时，我会得到一个带有“会话”的长URL：

http://my.url.com:3838/itpod/session/d661a858f5679aba26692bc9b4442872/download/pdfReport?w=

我开始怀疑这是否是问题，而且我不是在写当前会话的路径或其他什么？这是Shiny的一个新领域。就像我说的，在我的桌面上它工作正常，但是一旦我将它部署到Linux服务器，它就无法正常工作。任何帮助将非常感激。提前谢谢！

Answer 1

好的 - 经过多次故障排除后，我发现我在闪亮的webroot中拥有的一些文件是主pdfReport.Rmd文件的依赖项，因为代码将报告复制到temp 。目录

因为我不想将我的webroot中的所有文件复制到temp，所以我决定在webroot中自己渲染报表。对我来说，这并不是什么大不了的事，因为我的闪亮应用程序无论如何都以root身份运行。

我会解决这个问题，因为我已经解决了这个问题，基本上我的修复方法是执行以下操作：

使服务以普通用户身份运行
我不得不复制报告所依赖的文件，而是必须在报告代码中静态引用它们。

我为所有可能已经阅读并正在努力的人道歉。我的修复是上面的代码如下：

output$pdfReport <- downloadHandler(
      # For PDF output, change this to "report.pdf"
      filename = reactive({paste0("/srv/shiny-server/itpod/","ITPOD-",Sys.Date(),".pdf")}),

      content = function(file) {
        # Copy the report file to a temporary directory before processing it, in
        # case we don't have write permissions to the current working dir (which
        # can happen when deployed).

        report <- file.path(getwd(), "pdfReport.Rmd")
        #tempReport <- file.path(tempdir(), "pdfReport.Rmd")
        #file.copy("pdfReport.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

        params <- list(ilp=updateILP(), ico=updateICO(), sec=updateSecurity(), ppwc=updateWorkPreviousPeriodCompleted(),
                       pow=updateOngoingWorkCABApproved(), pwcr=updatePlannedWorkCABRequested(), epca=updateEmergencyChangesPendingCABApproval(),
                       fac=updateFacilities(), drs=updateDRStatus(), ov=updateOperationalEvents(), sl=updateStaffLocations(),
                       w = updateWeather())

        # Knit the document, passing in the `params` list, and eval it in a
        # child of the global environment (this isolates the code in the document
        # from the code in this app).
        rmarkdown::render(report, output_file = file, params = params, envir = new.env(parent = globalenv())
        )
      }
    )

  })

请注意，我不是将文件复制到临时目录，而只是在当前工作目录中指定文件。

Shiny downloadButton（）和downloadHandler（）500错误

1 个答案: