我已使用OpenMP和RcppArmadillo.package.skeleton("mypackage")
compileAttributes(verbose=TRUE)
库以及以下命令在R中准备了一个包：
DESCRIPTION另外，在我添加的Imports: Rcpp (>= 0.12.8), RcppArmadillo
LinkingTo:Rcpp, RcppArmadillo
Depends: RcppArmadillo
文件中：
NAMESPACE并在我添加的import(RcppArmadillo)
importFrom(Rcpp, evalCpp)
文件中：
cmd然后我在R CMD build mypackage
R CMD INSTALL mypackage.tar.gz
中运行以下代码：
RcppArmadillo我在我的电脑中构建并安装软件包，现在就使用它。但我的学院和朋友无法安装该软件包。错误消息大约是OpenMP和{{1}}个库。
例如：
致命错误：＆＃39; omp.h＆＃39;找不到文件
有没有人在这种情况下有过经验？我必须在我的包中进行哪种设置才能解决这个问题？
答案 0 :(得分：8)
恭喜！您很可能偶然发现了macOS＆＃39;缺乏OpenMP支持。 This has been documented in the Rcpp FAQ as entry 2.10.3
错误显而易见的原因是您没有正确保护OpenMP代码......例如。
标题包含受以下内容保护：
#ifdef _OPENMP
#include <omp.h>
#endif
代码有以下保护：
#ifdef _OPENMP
// multithreaded OpenMP version of code
#else
// single-threaded version of code
#endif
这假设您不使用预处理器#omp标签，但更多深入的omp函数调用。如果是先验，则代码保护并不重要，因为预处理器标签将被丢弃。
OpenMP configure.ac创建包裹要求
但是，上面只是很好的防御性编码。如果您的软件包需要特定功能，那么可能需要考虑使用名为autoconf的{{1}}文件来生成configure.ac脚本。
将configure放在包裹的顶层。
configure.ac packagename/
|- data/
|- inst/
|- man/
|- src/
|- Makevars
|- HelloWorld.cpp
|- DESCRIPTION
|- NAMESPACE
|- configure.ac
|- configure
应包含以下内容：
configure.ac要生成AC_PREREQ(2.61)
AC_INIT(your_package_name_here, m4_esyscmd_s([awk -e '/^Version:/ {print $2}' DESCRIPTION]))
AC_COPYRIGHT(Copyright (C) 2017 your name?)
## Determine Install Location of R
: ${R_HOME=$(R RHOME)}
if test -z "${R_HOME}"; then
AC_MSG_ERROR([Could not determine R_HOME.])
fi
## Setup RBin
RBIN="${R_HOME}/bin/R"
CXX=`"${RBIN}" CMD config CXX`
CPPFLAGS=`"${RBIN}" CMD config CPPFLAGS`
CXXFLAGS=`"${RBIN}" CMD config CXXFLAGS`
## Package Requires C++
AC_LANG(C++)
AC_REQUIRE_CPP
## Compiler flag check
AC_PROG_CXX
## Borrowed from BHC/imager/icd/randomForest
# Check for OpenMP
AC_OPENMP
# since some systems have broken OMP libraries
# we also check that the actual package will work
ac_pkg_openmp=no
if test -n "${OPENMP_CFLAGS}"; then
AC_MSG_CHECKING([OpenMP detected, checking if viable for package use])
AC_LANG_CONFTEST([AC_LANG_PROGRAM([[#include <omp.h>]], [[ return omp_get_num_threads (); ]])])
"$RBIN" CMD SHLIB conftest.c 1>&AS_MESSAGE_LOG_FD 2>&AS_MESSAGE_LOG_FD && "$RBIN" --vanilla -q -e "dyn.load(paste('conftest',.Platform\$dynlib.ext,sep=''))" 1>&AS_MESSAGE_LOG_FD 2>&AS_MESSAGE_LOG_FD && ac_pkg_openmp=yes
AC_MSG_RESULT([${ac_pkg_openmp}])
fi
# if ${ac_pkg_openmp} = "yes" then we have OMP, otherwise it will be "no"
if test "${ac_pkg_openmp}" = no; then
AC_MSG_WARN([No OpenMP support. If using GCC, upgrade to >= 4.2. If using clang, upgrade to >= 3.8.0])
AC_MSG_ERROR([Please use a different compiler.])
fi
# Fin
AC_OUTPUT
脚本，请运行：
configure完成此操作后，您将需要重建包。请注意，如果在Windows上，则可能需要安装autoconf
，而在macOS上，您可能需要通过homebrew进行安装。
autoconf编译器现在，您可能希望确保您的同事能够从启用了OpenMP的代码中获得加速增益。要做到这一点，必须通过让同事从使用默认系统编译器转移到＆＃34; true＆＃34;来启用OpenMP。 OpenMP或可行的gcc启用omp编译器。
这里给出了关于macOS的说明：
http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/