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对于当前版本(1.3.0-SNAPSHOT),这似乎是不可配置的。请参阅源代码:https://github.com/achingbrain/m2e-core/blob/master/org.eclipse.m2e.core.ui/src/org/eclipse/m2e/core/ui/internal/dialogs/UpdateMavenProjectsDialog.java
btnUpdateProjectConfiguration = new Button(optionsComposite, SWT.CHECK);
btnUpdateProjectConfiguration.setSelection(true);
btnUpdateProjectConfiguration.setText(Messages.UpdateMavenProjectDialog_btnUpdateProjectConfiguration_text);
//
btnCleanProjects = new Button(optionsComposite, SWT.CHECK);
btnCleanProjects.setSelection(true);
btnCleanProjects.setText(Messages.UpdateMavenProjectDialog_btnCleanProjects_text);
所以我们必须在开发方面提出你的要求:)