Question

我想要做的是使用不同的样本循环数据集，并使用ggplot2制作叠加密度图。将1个参考样品与其他样品中的一个一起绘制在每个图中。绘图本身不是问题，但颜色是：

数据集：

df <- data.frame(SampleName = c("a","a","a","b","b","b","c","c","c"),
       Data = c(1,1,2,4,6,7,3,4,9))

使用scale_fill_manual，我可以为特定样本指定颜色：

#1

ggplot() + 
  geom_density(data=subset(df, SampleName == "a"), 
               aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6) +
  geom_density(data=subset(df, SampleName == "b"), 
               aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6) +
  scale_fill_manual(values = c("b" = "red", "a" = "green"))

使用包含所有样品名称的载体，我可以制作一个循环，用“b”作为固定样品绘制所有叠加图：

#2

Samples <- c("a","b","c")

for(i in 1:length(Samples)){
print(ggplot() + 
            geom_density(data=subset(df, SampleName == Samples[i]), 
                         aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6) +
            geom_density(data=subset(df, SampleName == "b"), 
                         aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6) +
            scale_fill_manual(values = c("red", "green"))
  )
}

＃2中的问题是当b固定时样本会改变颜色 - ＆gt;在第一个图中，b是绿色，a是红色，在图3b中是红色，c是绿色。当我尝试将＃1中的颜色分配给特定样本时（请参阅＃3），将显示以下错误消息：

“错误：意外'='in： “aes（x = Data，group = SampleName，fill = SampleName），alpha = 0.6））+ scale_fill_manual（values = c（“b”=“red”，Samples [i] =“

我尝试了不同的东西，使用'。字符，粘贴（），'样本[i] =“绿色”'更多'文字'，但这似乎不起作用。任何解决方案？

#3

for(i in 1:length(Samples)){
  print(ggplot() + 
      geom_density(data=subset(df, SampleName == Samples[i]), 
                   aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6) +
      geom_density(data=subset(df, SampleName == "b"), 
                   aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6)) +
      scale_fill_manual(values = c("b" = "red", Samples[i] = "green"))
}

Answer 1

您可以使用setNames轻松创建命名向量，您可以在其中使用需要评估的表达式。例如：

setNames(c('red', 'green'), c('b', Samples[i]))

这使得：

for(i in 1:length(Samples)){
  print(ggplot() + 
      geom_density(data=subset(df, SampleName == Samples[i]), 
                   aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6) +
      geom_density(data=subset(df, SampleName == "b"), 
                   aes(x = Data, group=SampleName, fill=SampleName), alpha= 0.6)) +
      scale_fill_manual(values = setNames(c('red', 'green'), c('b', Samples[i])))
}

在ggplot2中为变量定义图例颜色

1 个答案: