我有一个数据帧（df）如下：
Year PlotNo HabitatType Sp1 Sp2 Sp3 Sp4
2000 1 GH 0 1 2 3
1988 3 KL 2 3 4 5
其中，Sp代表Species，其列代表丰度值。
我试图找到数据帧中每行的Simpson多样性。我尝试了以下循环：
require(vegan)
y <- for(i in 1:nrow(df)) {
row <- df[i,4:50] #Assuming 50 columns
diversity(row, "simp")
}
但是，我一直遇到如下错误：
sum（x）中的错误：参数
的'type'（字符）无效
有关如何更正此错误的任何想法？或任何其他方式来解决这个问题？
答案 0 :(得分：2)
diversity确实需要数字数据，这可能是你的问题。你从sum(df[,4:50])得到了什么？
另一个问题是你不需要for()循环：当给定数据框或矩阵时，diversity将计算每行（或列，如果你设置参数{{1）的索引}}）。如果您的数据是数字的，那么MARGIN = 2应该这样做。
答案 1 :(得分：0)
diversity函数只能处理数值数据。可能df[i,4:50]包含非数字元素。我的猜测是，有些列是character或factor。但是，如果没有可重复的例子，我无法确认是否属实。
答案 2 :(得分：0)
我们可以使用：
library(data.table)
mydf <- setDF(mydf)
res <- mydf[, div := diversity(mydf[, 4:7], 'simp')]
这会为每一行添加一个列div，其结果为diversity。