无法使用R中的rgbif包的occ_search函数获取出现数据

Question

我正在尝试从class = Mammalia R包中获取rgbif的记录。首先，我尝试了usageKey：

key <- name_backbone(name = "Mammalia")

成功返回了usageKey。

然后我尝试使用occ_search并收到以下错误：

occ_search(taxonKey = key, limit = 20)

  

错误：无效的整数范围：Mammalia

occ_search(taxonKey = key, limit = 10)

  

错误：无效的整数范围：Mammalia

有人可以帮我解决这个问题吗？

Answer 1

在使用key时，您错过了一个非常小的细节。请注意，您的变量key是一个列表。要将其用作taxonKey，您需要通过$运算符访问它。这是我得到的：

library(rgbif)
key <- name_backbone(name = "Mammalia")
key$usageKey
## [1] 359

或者，使用双括号运算符（[[]]）：

key[[1]]
## [1] 359

现在，访问分类信息应该没有问题：

occ_search(taxonKey = key$usageKey, limit = 20)

## Records found [10730158] 
## Records returned [20] 
## No. unique hierarchies [3] 
## No. media records [1] 
## No. facets [0] 
## Args [taxonKey=359, limit=20, offset=0, fields=all] 
## # A tibble: 20 × 61
##           name        key decimalLatitude decimalLongitude issues
##          <chr>      <int>           <dbl>            <dbl>  <chr>
## 1    Lynx lynx 1424727732        63.43489         9.950017 gass84
## 2  Canis lupus 1425221384        60.65852        12.068240 gass84
## (more records omitted)

希望这有帮助。