尝试使用Gviz的IdeogramTrack时出现内部服务器错误

Question

我在Bioconductor的支持页面上发布了这个，但没有任何答案因此在这里尝试。

我正在使用来自我所在机构群集的R / Biocondutor软件包IdeogramTrack函数Gviz：

IdeogramTrack(genome="mm10",chromosome="chr1")

当我从主节点尝试此操作时它工作正常但是当我从集群中的任何其他节点尝试此操作时IO通过主节点，它会挂起并最终收到错误消息：

  

错误：内部服务器错误

我能够通过这些节点（使用traceroute http://genome.ucsc.edu）访问enter link description here或任何其他UCSC镜像，并且可以从其他存储库（例如Ensembl）成功下载数据（例如，使用getBM）。

知道什么是错的吗？

BTW，知道哪个端口IdeogramTrack试图使用？

Answer 1

听起来您的机构群集在通过Gviz从UCSC获取注释数据时遇到问题。我的一个建议是看你是否可以从UCSC手动下载 mm9注释; here is a good place to start, by chromosome。或者，您可以使用Bioconductor注释包，例如this。

如果您的data.frame包含染色体和染色体信息（例如mapInfo），您可以利用GenomicRanges::makeGRangesFromDataFrame将mm9注释转换为GRanges对象，这样您就可以拥有IdeogramTrack个对象。有关如何设置自定义IdeogramTrack的详细信息，请参见here。

一般来说，这是工作流程：

library(GenomicRanges)
library(Gviz)

mm9_annot <- read.table(<file or url with annotation>)
mm9_granges <- makeGRangesFromDataFrame(mm9_annot)

# Alternatively, you may use rtracklayer package
# mm9_granges <- rtracklayer::import(<file or url with annotation>)

my_ideo <- IdeogramTrack(genome="mm9_custom", bands=mm9_granges)

希望这有帮助。