修复步骤后从Molecular Dynamics

时间:2017-02-11 11:10:31

标签: extraction data-extraction

我是bash编程的新手。我的问题如下: 在分子动力学计算中,我有一个xyz扩展的轨迹文件。在这个文件中,或多或少有2000个坐标块。每个坐标块以原子数开始,并以报告的相同原子数结束,例如,块:

352(起点第一个区块)

i = 0,

...

...

352(结束点第一个区块/起点第二个区块)

i = 10,

...

...

352

在这个文件之外,我希望能够以固定比率(即每10个配置)对所有轨迹文件中的一些块/配置进行grep(最后我有200个采样结构)从轨迹文件的开头到结尾)。

我想,但我再次,我不是专家,使用for循环,如:

for i in .xyz
  do (grep "352
     \n.*some_pattern.*
     \n.*352");
done

关键是我不知道如何告诉脚本grep块,第二个是每10个配置提取块。 你能帮助我吗?

P.S。虽然第一点我认为有一段时间后我能够解决它,第二点是最烦人的。

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