我是初学者所以非常感谢帮助。
我有代码从sample.txt文件循环遍历示例名称并执行命令。
我得到一个错误,说软件无法读取文件。我已经仔细检查了一切,这一切看起来都很好吗? sample.txt包含一个列表,例如:
C1
C2
C3
etc
我的代码是:
#!/bin/bash
set -e
set -u
input=/fastq_trimmed/;
genome=/GI_1st_pass/
sample_info=/RNAseq/sample.txt
sample_files=($(cut -f 1 "$sample_info"))
for file in ${sample_files[@]}
do
echo working with "$file"
STAR2 --genomeDir $genome --readFilesIn $input$file'_fwd_paired.fastq' $input$file'_rev_paired.fastq'
done;
我做错了什么?