Python：使用子进程回显

Question

我正在尝试从python脚本向qsub分配任务。

到目前为止，我一直在为qsub提交使用这样的表达式：

echo "python script.py arg1 arg2" | qsub

我试图在python中重现这个命令：

command = 'echo "python sub_master_script.py ' + str(i) + ' ' + path + '" | qsub -pe make 5 -N Teaching_' + str(i) + ' -cwd'
subprocess.call(shlex.split(command))

虽然command带有我通常使用的命令，但是当我启动python脚本时，它被解释为一个简单的echo。

而不是开始一份新工作，我把它写在控制台中：

python sub_master_script.py 0.75 /data5/bio/runs-galkin/Iterative/test_OTU.txt | qsub -pe make 5 -N Teaching_0.75 -cwd

为什么会这样？我怎样才能使它发挥作用？

Answer 1

你正在大量使用shell功能，主要是通过一起运行2个进程。

subprocess.call(shlex.split(command),shell=True)

是一个quickfix。

正确的方法是使用1 subprocess.Popen个实例，通过communicate提供输入（模拟echo python ...）并删除shell=True（使用{{ 1}}正如Charles所评论，以确保在需要时正确引用字符串）

pipes.quote