Question

我试图从我之前写过的HDF5容器中读取一个文件。我虽然这很简单：从filesize和fileindex派生索引并读取HDF5文件的相应部分。

file = h5read(filename, datasetname, ...
         [ones(1, length(dataSize)-1) fileIdx], [dataSize(1:end-1) fileIdx]);

在以下示例中，这转换为h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 4]);：

% info for myfile.h5
h5disp('myfile.h5');

% HDF5 myfile.h5.h5 
% Group '/' 
% Dataset 'data' 
%     Size:  1024x1024x4x5
%     MaxSize:  1024x1024x4x5
%     Datatype:   H5T_IEEE_F64LE (double)
%     ChunkSize:  1024x1024x4x1
%     Filters:  deflate(1)
%     FillValue:  0.000000

% read in myfile.h5:
h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 4]);

...并且对前三个图块效果很好，但是第四个图块会抛出错误：

Error using h5readc
The index arguments exceed the size of the dataset.

Error in h5read (line 58)
[data,var_class] = h5readc(Filename,Dataset,start,count,stride);
...

但是，之前的h5disp('myfile.h5');表示HDF5容器与我使用的那些文件中的5个（1024x1024x4x5）一样大

info = h5info(filename, datasetname); 
dataSize = info.Dataspace.Size;

HDF5容器很好。读取所有文件，然后在Matlab中访问BLOB，然后才能正常工作。

data = h5read(filename, datasetname);
file = data(:,:,:,fileIndex);

正如我所说，我的方法适用于前三个瓷砖，但随后失败了。我在这里忽略了什么吗？

Answer 1

再次查看doc h5read。您似乎误解了start和count参数。

start是您开始阅读数据的地方，count是要读取的数据量。当您请求h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 4]);时，您要求从第4个图块（[1 1 1 4]）的开头开始，然后阅读4个完整图块（[1024 1024 4 4]）。由于数据集只有5个图块，因此可以显示超出大小的错误。

要阅读第4个图块，请尝试h5read('myfile.h5', '/data', [1 1 1 4] , [1024 1024 4 1]);

使用Matlab读取HDF5容器中的单个文件

1 个答案: