Question

我正在进行序数逻辑回归，并按照此处的指南进行分析：R Data Analysis Examples: Ordinal Logistic Regression

我的数据框（咨询）如下：

           n  raingarden  es_score  consult_case
garden_id                                       
27436      7           0         3             0
27437      1           0         0             1
27439      1           1         1             1
37253      1           0         3             0
37256      3           0         0             0

我正处于需要创建图形以测试比例赔率假设的部分，使用R中的命令如下：

(s <- with(dat, summary(es_score ~ n + raingarden + consult_case, fun=sf)))

（es_score是序数排名得分，其值介于0 - 4之间; n是整数; raingarden和consult_case，二进制值为0或1）

我有sf功能：

sf <- function(y) {
     c('Y>=1' = qlogis(mean(y >= 1)),
       'Y>=2' = qlogis(mean(y >= 2)),
       'Y>=3' = qlogis(mean(y >= 3)))
}

在我访问的utils.r文件中，如下所示：

from rpy2.robjects.packages import STAP
with open('/file_path/utils.r', 'r') as f:
    string = f.read()
sf = STAP(string, "sf")

并希望按照以下方式做点什么：

R = ro.r
R.with(work_case_control, R.summary(formula, fun=sf))

主要问题是R with运算符被视为python关键字，因此即使我使用ro.r.with访问它，它仍然被识别为python关键字。（作为旁注：我尝试使用R的apply方法，但收到错误TypeError: 'SignatureTranslatedAnonymousPackage' object is not callable ...我认为这是指我的函数sf？）

我还尝试在rpy2中使用R赋值方法，如下所示：

R('sf = function(y) { c(\'Y>=1\' = qlogis(mean(y >= 1)), \'Y>=2\' = qlogis(mean(y >= 2)), \'Y>=3\' = qlogis(mean(y >= 3)))}')

R('s <- with({0}, summary(es_score~raingarden + consult_case, fun=sf)'.format(consult))

但遇到了数据帧列名以某种方式导致错误的问题：RRuntimeError: Error in (function (file = "", n = NULL, text = NULL, prompt = "?", keep.source = getOption("keep.source"), : <text>:1:19: unexpected symbol 1: s <- with( n raingarden

我当然可以在R中执行此操作，但我在python中有一个非常复杂的ETL脚本，因此我更喜欢使用rpy2保存python中的所有内容（我确实尝试使用mord for scipy - 学习运行我的regreession ，但这是非常原始的）。

现在最欢迎任何建议。

修改

我尝试了各种组合@ Parfait的建议，并且fun参数的限定在语法上是不正确的，根据PyCharm解释器（参见末尾带红色突出显示的图像）： ...它没有无论限定词是什么，我总是得到一个错误 SyntaxError: keyword can't be an expression.

另一方面，没有限定符，没有语法错误：，但在使用函数TypeError: 'SignatureTranslatedAnonymousPackage' object is not callable时我得到错误sf：

from rpy2.robjects.packages import STAP with open('/Users/gregsilverman/development/python/rest_api/rest_api/scripts/utils.r', 'r') as f: string = f.read() sf = STAP(string, "sf")

考虑到这一点，我在R中使用函数sf创建了一个包，导入它，并尝试了各种组合，唯一没有产生错误的组合：print(base._with(consult_case_control, R.summary(formula, fun=gms.sf)))（gms是参考到RI的包装）。

输出没有意义：

Length Class Mode 3 formula call

我期待在加州大学洛杉矶分校网站上找到一张桌子。有趣。我将尝试在R中重新创建我的分析，只是为了它。我仍然想在python中完成它。

Answer 1

考虑将with电话括起来，并确保符合所有参数，包括 fun ：

ro.r['with'](work_case_control, ro.r.summary(formula, ro.r.summary.fun=sf))

或者，导入R的基础包。为避免与Python的命名方法with()发生冲突，请翻译R名称：

from rpy2.robjects.packages import importr

base = importr('base', robject_translations={'with': '_with'})

base._with(work_case_control, ro.r.summary(formula, ro.r.summary.fun=sf))

一定要正确创建你的公式。考虑使用R＆n的统计软件包＆＃39; as.formula从字符串构建。请注意，由于命名冲突，还会进行另一次翻译：

stats = importr('stats', robject_translations={'format_perc': '_format_perc'})

formula = stats.as_formula('es_score ~ n + raingarden + consult_case')

如何在rpy2中使用R'with'运算符

1 个答案: