Question

我有以下函数从卡方分布中提取一些数据，并使用最大似然比较X的分布与已知的卡方分布。此过程模拟nSims次。（我将这些结果与排列测试的结果进行比较，但不包括该代码。）

chi2c <- function(xdf=2, yObs=100, xObs=100, nSims=1000, nPerm=500, alpha=0.05){
  simResults <- sapply(1:nSims, function(x){
    # Draw variables
    x  <- rchisq(xObs, df=xdf)
    # Other variables not relevant here
    # [[snip]]

    # Permutation test
    # [[snip]]

    # Calculate the statistics necessary for maximum likelihood
    n       <<- length(x)
    sumlx   <<- sum(log(x))
    sumx    <<- sum(x)
    # Calculate the maximum likelihood estimate
    dfhat   <- optimize(f=c2ll, interval=c(1, 10), maximum=TRUE)$maximum
    # Calculate the test statistic: -2 times the log likelihood ratio
    llr     <- -2 * (c2ll(2) - c2ll(dfhat))
    # Compare the test statistic to its asymptotic dist: chi-squared
    lReject <- llr > qchisq(1 - alpha, df=1)

    # Provide the results
    # [[snip]]
  })
  # Calcuate means across simulations
  rowMeans(simResults)
}

此函数调用c2ll，卡方似然函数

c2ll <- function(dfHat){
  -n * log(gamma(dfHat/2)) - n * (dfHat/2) * log(2) + 
  (dfHat/2 - 1) * sumlx - sumx/2
}

此功能正是我想要的并且准确无误，但我不明白为什么我必须设置最大似然统计数据（n，sumlx和sumx）在全球范围内开展工作;如果我只使用optimize在函数内设置它们，则<-找不到它们。我尝试在optimize内设置它们，但这也不起作用。谢谢你的帮助。

查理

Answer 1

R具有词法范围，这意味着函数在定义它们的环境中查找变量。 c2ll在全局环境中定义，因此它在函数内部看不到n，sumx和sum1x的定义。另一方面，S使用动态范围，其行为与您期望的一样（即，它在调用它的范围内查找变量）。计算机科学家普遍认为，动态范围界定是一个死路一条的坏主意，而词汇范围界定是可行的方法。

实际上，你能做些什么呢？

嗯，有几种选择......

首先，您可以在本地定义您的功能：

n       <- length(x)
sumlx   <- sum(log(x))
sumx    <- sum(x)
c2ll <- function(dfHat){
    -n * log(gamma(dfHat/2)) - n * (dfHat/2) * log(2) + (dfHat/2 - 1) * sumlx - sumx/2
}
dfhat   <- optimize(f=c2ll, interval=c(1, 10), maximum=TRUE)$maximum

第二，您可以让c2ll获取其他参数，并通过优化传递这些参数。

#in global env
c2ll <- function(dfHat,n,sum1x,sumx){
  -n * log(gamma(dfHat/2)) - n * (dfHat/2) * log(2) + 
  (dfHat/2 - 1) * sumlx - sumx/2
}

#...
#in function
n       <- length(x)
sumlx   <- sum(log(x))
sumx    <- sum(x)
dfhat   <- optimize(f=c2ll, interval=c(1, 10), n=n,sum1x=sum1x,sumx=sumx, maximum=TRUE)$maximum

两者都是干净的选项，可以保留函数的封装。

Answer 2

您的simResults函数返回逻辑向量。而不是使用rowMeans，只需使用mean（simResults），结果看起来合理合理......至少在以下程度：

> chi2c(alpha=0.05)
[1] 0.057
> chi2c(alpha=0.5)
[1] 0.503

Answer 3

您的问题源于R使用的词汇范围规则。请参阅language definitions手册中的更多内容。简而言之，您的函数c2ll正在查找已定义的环境中的变量。

为了避免这个问题，你必须将n，sum1x和sum2x明确地作为函数的参数传递，或者直接在ch2c函数中本地定义你的函数。

这是一个非常常见的问题，SO上有很多有趣的例子。

'optimize'没有在函数调用中找到变量

3 个答案: