Docker挂载错误 - 找不到文件

Question

我正在尝试运行下面的Docker命令但是收到文件未找到错误。我已验证本地文件夹/D/VMs/...包含相应的文件，并且adam-submit命令正常运行。我相信我如何安装本地文件夹存在问题 - 我认为它将位于docker机器的/data位置。对于上下文，我正在遵循http://ampcamp.berkeley.edu/5/exercises/genome-analysis-with-adam.html上的教程 在https://hub.docker.com/r/heuermh/adam/

使用泊坞窗图片

Docker Run：

docker run -v '/D/VMs/hs/adam/data:/data' heuermh/adam adam-submit transform '/data/NA12878.sam' '/data/NA12878.adam'

Docker Run＃2：

docker run -v //d/vms/hs/adam/data:/data heuermh/adam adam-submit transform /data/NA12878.sam /data/NA12878.adam

错误：

Exception in thread "main" java.io.FileNotFoundException: Couldn't find any files matching /data/NA12878.sam. If you are trying to glob a directory of Parquet files, you need to glob inside the directory as well (e.g., "glob.me.*.adam/*", instead of "glob.me.*.adam"

Answer 1

从您列出的目录中，看起来您正在运行Docker for Windows。这在VM内部运行，映射到容器的文件夹从该VM映射。要从父操作系统映射文件夹，首先需要将其共享到在C：/ Users上默认启用的VM。

如果您正在使用docker-machine，请检查VirtualBox的设置，否则，请检查Docker本身的设置以共享文件夹，并确保包含/ D / VM。