由于macOS 10.12.3和10.12.5上缺少zlib,R无法安装devtools或git2r

时间:2017-01-31 10:26:12

标签: r macos zlib devtools

我正在尝试在R(3.3.2)中安装两个软件包:devtoolsgit2r。它们取决于zlib的存在。它附带macOS Sierra(10.12.3),默认情况下为1.2.8版本。 当我尝试安装这些软件包时,我收到以下错误。

我一直在尝试很多事情。

  • 在RStudio中通过CRAN直接安装:没有效果。
  • 尝试在macOS上找到zlib:找不到zlib
  • 通过R CMD INSTALL git2r安装:无效。

我注意到有人在GitHub上发布了类似的问题:https://github.com/ropensci/git2r/issues。还没有解决方案。

这里有人有想法吗?

谢谢!

桑德

以下的错误消息

  

在“/private/tmp/RtmpP6HZFx/R.INSTALLe73412909267/git2r”中配置错误

     

配置错误

           

找不到构建git2r所需的zlib库。

     

请安装:

     

zlib1g-dev(例如Debian和Ubuntu上的软件包)

     

zlib-devel(例如Fedora,CentOS和RHEL上的软件包)

     

再试一次。

     

如果系统上安装了zlib库但git2r配置无法找到它,则可以使用以下命令指定zlib的include和lib路径:

     

“R CMD INSTALL --configure-args =' - with-zlib-include = INCLUDE_PATH --with-zlib-lib = LIB_PATH'git2r”

           

有关详细信息,请参阅“config.log”

     

错误:包“git2r”

的配置失败      

*删除“/usr/local/lib/R/3.3/site-library/git2r”

更新:macOS X 10.12.5与R 3.4.0结合使用时仍然存在同样的问题 - 后者我需要 DESeq2

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

...解嗯。不是真的。我只是卸载了R和所有软件包,而不是我重新安装了一切。我按照https://rud.is/b/2015/10/22/installing-r-on-os-x-100-homebrew-edition/中的说明,通过R安装了RStudiohomebrew

奇怪的是:所有问题都消失了。

更新#1:此解决方案显然不适用于组合R 3.4.0和macOS X 10.12.5。我们需要一个解决这个问题的方法。

更新#2:我发现了我认为的问题:xcode命令行工具的错误路径。

sudo xcode-select --reset完成了这一操作,现在xcode-select -p指向/Library/Developer/CommandLineTools。并且which xcode-select指向/usr/bin/xcode-select。谷歌搜索我发现不需要通过App Store安装Xcode,因为它在http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html上声明:

“在早期版本的macOS上,安装Xcode Command Line Tools更加困难。它需要从Mac App Store大量下载完整的Xcode软件包,或者作为Apple开发人员注册一个较小的Command Line Tools软件包。 Mac OS X Mavericks使Xcode Command Line Tools的安装变得更加简单。“。

答案 1 :(得分:0)

我遇到了同样的问题。我有一个音符8(三星)。只需转到GitHub并从那里安装zlib。