我正在尝试在R(3.3.2)中安装两个软件包:devtools
和git2r
。它们取决于zlib
的存在。它附带macOS Sierra(10.12.3),默认情况下为1.2.8版本。
当我尝试安装这些软件包时,我收到以下错误。
我一直在尝试很多事情。
zlib
:找不到zlib
。R CMD INSTALL git2r
安装:无效。我注意到有人在GitHub上发布了类似的问题:https://github.com/ropensci/git2r/issues。还没有解决方案。
这里有人有想法吗?
谢谢!
桑德
以下的错误消息
在“/private/tmp/RtmpP6HZFx/R.INSTALLe73412909267/git2r”中配置错误
配置错误
找不到构建git2r所需的zlib库。
请安装:
zlib1g-dev(例如Debian和Ubuntu上的软件包)
zlib-devel(例如Fedora,CentOS和RHEL上的软件包)
再试一次。
如果系统上安装了zlib库但git2r配置无法找到它,则可以使用以下命令指定zlib的include和lib路径:
“R CMD INSTALL --configure-args =' - with-zlib-include = INCLUDE_PATH --with-zlib-lib = LIB_PATH'git2r”
有关详细信息,请参阅“config.log”
错误:包“git2r”
的配置失败*删除“/usr/local/lib/R/3.3/site-library/git2r”
更新:macOS X 10.12.5与R 3.4.0结合使用时仍然存在同样的问题 - 后者我需要 DESeq2
。
答案 0 :(得分:0)
...解嗯。不是真的。我只是卸载了R和所有软件包,而不是我重新安装了一切。我按照https://rud.is/b/2015/10/22/installing-r-on-os-x-100-homebrew-edition/中的说明,通过R
安装了RStudio
和homebrew
。
奇怪的是:所有问题都消失了。
更新#1:此解决方案显然不适用于组合R 3.4.0和macOS X 10.12.5。我们需要一个解决这个问题的方法。
更新#2:我发现了我认为的问题:xcode命令行工具的错误路径。
sudo xcode-select --reset
完成了这一操作,现在xcode-select -p
指向/Library/Developer/CommandLineTools
。并且which xcode-select
指向/usr/bin/xcode-select
。谷歌搜索我发现不需要通过App Store安装Xcode,因为它在http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html上声明:
“在早期版本的macOS上,安装Xcode Command Line Tools更加困难。它需要从Mac App Store大量下载完整的Xcode软件包,或者作为Apple开发人员注册一个较小的Command Line Tools软件包。 Mac OS X Mavericks使Xcode Command Line Tools的安装变得更加简单。“。
答案 1 :(得分:0)
我遇到了同样的问题。我有一个音符8(三星)。只需转到GitHub并从那里安装zlib。