Question

我正在实施一个命令

 awk '{if($2 == "1")print $1}' file1

其输出，我想管道grep另一个文件，

之类的东西

 awk '{if($2 == "1")print $1}' file1 | grep to file2

但是我不知道将grep传递给另一个文件的现有方法，任何帮助都会有所帮助。感谢

我的文件1看起来像这样

 ENSG00000127527:I11 0
 ENSG00000086015:I6 0
 ENSG00000198336:I7 0
 ENSG00000127527:I12 0
 ENSG00000086015:I7 0
 ENSG00000198342:I1 0
 ENSG00000127527:I13 0
 ENSG00000086015:I8 0
 ENSG00000198342:I2 0

我的文件2如下：

 chrX   99892102    99893102    ENSG00000000003:I1  -
 chrX   99890744    99890965    ENSG00000000003:I2  -
 chrX   99890250    99890402    ENSG00000000003:I3  -
 chrX   99889027    99890027    ENSG00000000003:I4  -
 chrX   99888537    99888732    ENSG00000000003:I5  -
 chrX   99887566    99887983    ENSG00000000003:I6  -
 chrX   99885864    99886864    ENSG00000000003:I7  -
 chrX   99840145    99840227    ENSG00000000005:I1  +
 chrX   99847620    99848620    ENSG00000000005:I2  +
 chrX   99849145    99849257    ENSG00000000005:I3  +

Answer 1

dawg's awk-only answer可能就是您所需要的，但要解决您提出的问题：

您的问题似乎是：如何将命令的输出作为搜索字词列表传递给grep来电？

您正在询问是否通过管道传递输出，但是，只有在中搜索的输入也未传递给{{1>时才会生效通过stdin（这是任何命令接收管道输入的方式）。

鉴于您的grep命令使用实际的文件作为其输入（在中搜索） - grep - 管道是一个选项：

file2

awk '{if($2 == "1")print $1}' file1 | grep -f /dev/stdin file2＆＃39; grep选项接受搜索字词为文件（暗示OR逻辑：与任意匹配的任何输入行搜索字词文件中的行被认为是匹配项，并且使用-f作为文件名，/dev/stdin的输出用作文件＆＃39;的内容。

注意：使用 GNU awk，您也可以使用grep代替-，但BSD / macOS /dev/stdin不会使用grep。支持那个。

以下解决方案无论搜索 in 中的输入本身是否通过stdin传递，都可以正常工作：

在bash，ksh和zsh中，提供命令输出的最简单方法就是使用process substitution （<(...)）：

grep -f <(awk '{if($2 == "1")print $1}' file1) file2

也就是说，在手头的情况下，grep可能必须首先将传递给-f的整个文件读入内存，以下是符合POSIX标准的等效文件，使用{{3} （$(...)），同样有效：

grep "$(awk '{if($2 == "1")print $1}' file1)" file2

然而，后一种形式存在超过平台最大命令行长度的（假设的）风险，而前者没有。

Answer 2

你的问题非常不清楚。

但是，您可以使用awk将第一个文件中的行与第二个文件中的行进行对比。

假设：

$ cat /tmp/f1.txt
Apple 1
Pear 1
Tomato 2
Potato 2
Cherry 1
$cat /tmp/f2.txt
Apple 
Pear 
Tomato 
Potato 
Cherry

您可以对第二个文件执行grep之类的传递，并使用第一个文件中的行，如下所示：

$ awk 'NR==FNR && $2==1 {arr[$1]} NR>FNR && $1 in arr{ print }' /tmp/f1.txt /tmp/f2.txt
Apple 
Pear 
Cherry

通过一个文件的管道输出在另一个文件上grep

2 个答案: