`conda run`

Question

我写了一个python程序。如果我有这样一个shebang：

#!/usr/bin/python

我用以下文件使文件可执行：

$ chmod 755 program.py

我可以像这样运行程序：

$ ./program.py

这是问题所在。我使用conda virtual environments。当我运行上面的程序时，系统会创建一个不识别活动环境的子shell：

(my_env) $ ./program.py
ImportError: No module named pymongo

如果我这样做，不过......

(my_env) $ python program.py
# blah blah... runs great

如何指定在子shell中使用的正确环境？可能吗？我想保存手指输入python六个字符串的工作。

另一篇文章Shebangs in conda managed environments简要介绍了这一点，但未提供正确的答案。它只是说，而不是激活子shell中的环境，继续忽略shebang ...只需使用$ python program.py语法。

Answer 1

在您的脚本中，更改...

#!/usr/bin/python

...为：

#!/usr/bin/env python

激活的conda环境使用的python是${CONDA_PREFIX}/bin/python而不是/usr/bin/python

注意区别？

(root) ~/condaexpts$ which python
/home/ubuntu/condaexpts/m3/bin/python

(root) ~/condaexpts$ /usr/bin/env python
Python 3.5.2 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Jul  2 2016, 17:53:06) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> 

(root) ~/condaexpts$ source deactivate

~/condaexpts$ which python
/usr/bin/python

~/condaexpts$ /usr/bin/env python
Python 2.7.6 (default, Oct 26 2016, 20:30:19) 
[GCC 4.8.4] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

Answer 2

`conda run`

如果您始终打算从定义了conda的shell会话中运行脚本，那么另一种选择是让Conda使用conda run命令加载env。在这种情况下，shebang应该是

#!/usr/bin/env conda run -n my_env python

这样做的好处是，调用./program.py时不需要激活环境，也不必对解释器的位置进行硬编码。

注意：：此命令已作为Conda v4.6.0中的“预览”（请参见Release Notes）添加到地址the issue of running a command inside an env。

Answer 3

您还可以使用shebang行直接指向环境，这样您就无需在调用脚本之前依赖于设置父环境的内容。

首先确定您首选的python环境路径：

$ . activate mypython
$ which python
/home/username/anaconda/envs/mypython/bin/python      # for example

然后在脚本中使用它：

#!/home/username/anaconda/envs/mypython/bin/python
import os,sys
print sys.executable
print os.__file__

上面的脚本会给出如下输出：

/home/username/anaconda/envs/mypython/bin/python
/home/username/anaconda/envs/mypython/lib/python2.7/os.pyc

在shebang中使用非泛型命令会降低脚本的可移植性，但如果您依赖于特定虚拟环境中的特定包，则这就是您想要的。

Answer 4

接受的答案不适合我，但是这样做了：

#!conda run -n your_conda_env_name python

这需要 $PATH 中的 conda，并且是在 Windows 上。

如何激活子shell中的conda env？

4 个答案:

`conda run`