R:sjp.glmer改变x轴lim,y轴标签从百分比到十进制,以及置信带颜色

时间:2017-01-25 07:54:03

标签: r sjplot

我一直在R中使用sjPlot包一段时间,我非常享受它。然而,最近我遇到了一些我无法想象的问题。

(1)使用sjp.glmer(fe.prob),x轴标签/间距似乎是从待绘制的固定因子导出的。我可以通过使用'axis.lim'来改变y轴限制,但是,我很难改变x轴限制。

(2)自上次更新(我认为是10.1.17)以来,颜色方案略有改变。结果我几乎看不到我的信任乐队。从理论上讲,我可以改变背景,使它们更加明显。但是,我正在寻找的是改变置信带的实际颜色。我怀疑这个可以使用sjp.setTheme进行更改,但我无法弄清楚如何。

(3)同样自上次更新(我认为)以来,“fe.prob”类型的sjp.glmer的y轴标记为百分比(1%到100%)而不是小数(0到1) 。有什么提示我怎么能把它切换回小数?

以下是一个示例行:

sjp.glmer(Model, 
          type = "fe.prob",
          vars = "Var1", 
          show.scatter = FALSE, 
          geom.colors = "Black", 
          width = 7.9, height = 6.8, 
          facet.grid = FALSE, 
          show.ci = TRUE, 
          axis.lim = c(0,1)) 

以下是我的Sjp.SetTheme设置。

我希望这说明了这些问题: Example Figure

感谢任何帮助。

最佳, 小号

sjp.setTheme(base = theme_grey(),
             geom.outline.color = "black",
             theme.font = 'Times',
             geom.outline.size = 1, 
             geom.label.size = 2,
             geom.label.color = "black",
             title.color = "black", 
             title.size = 1.0, 
             axis.title.size = 1.0,
             axis.title.color =  "black",
             axis.angle.x = 0,
             axis.textsize.x = 1.0,
             axis.textsize.y = 1.0,
             axis.textcolor = "black")

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

您所请求的问题无法通过sjp.glmer直接修改 - 但是,您可以使用返回的ggplot-object进行进一步操作。

library(sjPlot)
library(lme4)
library(ggplot2)
library(sjmisc)

# create binary response
sleepstudy$Reaction.dicho <- dicho(sleepstudy$Reaction, dich.by = "median")
# fit model
fit <- glmer(Reaction.dicho ~ Days + (Days | Subject),
             data = sleepstudy, family = binomial("logit"))

p <- sjp.glmer(fit, type = "fe.prob", vars = "Days", 
               show.scatter = FALSE, geom.colors = "Black", 
               facet.grid = FALSE, show.ci = TRUE)

# get first plot of all created plots (in this case, just one plot)
# and change x-axis-limits and use another metric on y-scale
p$plot.list[[1]] + xlim(0, 4) + scale_y_continuous(limits = c(0, 1))

enter image description here

尽管如此,自信乐队的透明度非常高,但我不太确定如何更改stat_smooth的alpha级别。我会找一个解决方案......