Question

我在置换数据上运行GLMM，对于其中一些我有收敛错误信息。由于这是我的空模型，我只需重新采样这个特定的置换数据。因此我试图处理R的tryCatch函数，但我有一些失败。我有Perm，这是我的数据帧和pglmm的置换数据集，它是置换数据的glmm模型。所以我有以下结构：

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<-summary(lme("My GLMM model"))
}

为了处理错误我尝试了这个结构

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<- tryCatch(summary(lme()),
error=function(err){
pglmm[[i]]<- summary(lme("My GLMM model on resample data"))
return(pglmm[[i]])
}
}

现在它正在工作，但即使重新采样一旦我有错误的数据我可能会出现收敛问题，所以我需要添加一个while循环以重新采样，直到这个收敛错误不再出现。但是我真的不知道在while循环中添加这个位置（内部错误=函数（错误），还是应该在启动for循环时？）。

提前感谢您的帮助。

Answer 1

预分配和填充，在成功时递增迭代器而不是迭代序列

pglmm <- vector("list", length(Perm))
i <- 1
while (i <= length(Perm)) {
    pglmm[[i]] = tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
    if (!is(pglmm[[i]], "error"))
        i <- i + 1
}

或避免使用

管理内存

pglmm <- replicate(length(Perm), {
    repeat {
        result <- tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
        if (!is(result, "error"))
            break
    }
    result
})

Answer 2

可能是以下几行

pglmm <- vector("list", length(Perm))
for (i in seq_along(pglmm)){
    while(is.null(pglmm[[i]])) {
        tryCatch(
            pglmm[[i]] <- summary(lme(...)), 
            error = function(e) {print(e); print("retrying...")}
        )
    }
}

pglmm初始化为与Perm长度相同的列表，其中填充了NULL个值。通过列表的每个元素，您可以重复数据重新采样和模型拟合（这是pglmm[[i]]<- ...行），直到没有收敛错误。一旦成功运行模型，就会将其分配给pglmm的第i个条目，然后循环进入下一个索引，依此类推。

while循环里面的tryCatch函数

2 个答案: