如何以正确的顺序放置igraph边缘

Question

我有动物名称的数据框：

df <- data.frame(
    col1 = c("dog", "cat", "bird", "mammal", "avis", "canis", "feline"),
    col2 = c("canis", "feline", "avis", "animal", "animal", "mammal", "mammal"))

library(igraph) 

species <- union(df$col2, df$col1)
df <- df[c('col2', 'col1')]
names(df) <- c('from', 'to')
species <- species[order(species)]
species <- sort(union(df$col2, df$col1))
g <- graph.data.frame(df, directed = TRUE, vertices = species)
plot(g,vertex.size=2, vertex.label.dist=0.5, vertex.color="cyan", 
 edge.arrow.size=0.5, layout=layout.reingold.tilford(g))

运行代码后，我得到了这个图（下图）。在数据框中，前3个元素是"dog", "cat", "bird"，而在图表中，它们是"bird", "dog", "cat"。简而言之，单词的顺序颠倒过来，我希望它们按照特定的顺序而不改变数据框。

告诉igraph我希望我的数据表示的顺序是什么，我使用species <- species[order(species)]这个代码行，虽然它适用于具有单个字母的数据框，但它不适用于此代码或任何其他代码使用完整单词的数据框。

Answer 1

目前，您的顶点是根据向量species中的顺序排序的。如果没有vertices参数，则顺序是根据两列数据框df中的union元素。

> g <- graph.data.frame(df, directed = TRUE)
> V(g)$name
[1] "canis"  "feline" "avis"   "animal" "mammal" "dog"    "cat"    "bird"  
> g <- graph.data.frame(df, directed = TRUE, vertices = species)
> V(g)$name
[1] "animal" "avis"   "bird"   "canis"  "cat"    "dog"    "feline" "mammal"

要解决您的问题，请根据species，两列的并集排序df向量，但先取第二列。这样，"dog", "cat", "bird"序列就会导致species向量。

df <- data.frame(
  col1 = c("dog", "cat", "bird", "mammal", "avis", "canis", "feline"),
  col2 = c("canis", "feline", "avis", "animal", "animal", "mammal",     "mammal"))

library(igraph) 

df <- df[c('col2', 'col1')]
names(df) <- c('from', 'to')
species <- union(df$to, df$from) #NOTE do not sort the vector!
g <- graph.data.frame(df, directed = TRUE, vertices = species)
plot(g,vertex.size=2, vertex.label.dist=0.5, vertex.color="cyan", 
     edge.arrow.size=0.5, layout=layout.reingold.tilford(g))

现在根据物种的顺序对顶点进行排序，首先放置"dog", "cat", "bird"。

> species
[1] "dog"    "cat"    "bird"   "mammal" "avis"   "canis"  "feline" "animal"
> V(g)$name
[1] "dog"    "cat"    "bird"   "mammal" "avis"   "canis"  "feline" "animal"

Answer 2

你的意思是这样吗？

我只是重新安排了数据的顺序，例如：

df <- data.frame(from = c('animal', 'animal', 'mammal', 'mammal', 'avis', 'canis', 'feline'), 
                 to = c('mammal', 'avis', 'canis', 'feline', 'bird', 'dog', 'cat'))

igraph以edgelist的顺序绘制边缘，与数据帧不同：

get.edgelist(g)

这是需要更改的信息。我只创建了小图表，并且总是按照我想要的顺序输入我的数据，但我认为这是调查set.edge.attribute()的内容。