使用LaunchControl

Question

我尝试使用LaunchControl（用于在OSX上调度类似cron的作业的启动GUI）在计时器上编译knitr脚本。

我有一个执行此操作的dispatcher.R脚本：

#!/Library/Frameworks/R.framework/Resources/Rscript
library("knitr")
setwd("~/somedirectory")
knit2pdf("my_script.Rnw", output= "my_script.tex")

当我在RStudio中以交互方式运行它时，my_script.Rnw效果很好。我得到了所需的PDF输出。但是，当launchd运行dispatcher.R脚本时，我收到此错误：

  

texi2dvi中的错误（file = file，pdf = TRUE，clean = clean，quiet = quiet，：     正在运行＆＃39; texi2dvi＆＃39; on＆＃39; my_script.tex＆＃39;失败。   执行暂停

生成.tex文件，但它没有编译。我会说我的LaTeX安装路径有问题，但由于它使用knit2pdf()工作，我不确定。可能是什么问题？

仍然在努力。更新：

• 没有.log文件通过LaunchControl使用knit2pdf()生成，但我得到一个.tex文件和/ figure文件夹。

• 我更新了MacTex，并尝试了一个空文档的最小示例，我得到了关于texi2dvi的相同错误。

• 当我使用LaunchControl和运行knit2pdf("my_script.Rnw", output = "my_script.tex")时，返回到RStudio并运行texi2dvi("my_script.tex", pdf = TRUE)，然后我得到了预期的结果。
• 问题在Sierra和Yosemite上重现
• 在Sierra上，有一个关于In my_script_latex_pkg("framed", system.file("misc", "framed.sty", package = "knitr")) : unable to find LaTeX package 'framed'; will use a copy from knitr
的其他错误
• 我尝试了Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))并且它没有帮助。
• 从命令行运行$ Rscript dispatcher.R工作得很好。 PDF编译。
• 在LaunchControl中使用Rscript dispatcher.R运行bash脚本不工作;关于texi2dvi的相同错误。

Answer 1

要使用LaunchControl运行.Rnw文件进行任务调度，请在同一目录中创建以下文件。然后，在调度程序中运行* .sh脚本。瞧！我在原始帖子中遇到的问题是LaunchControl没有（默认情况下，至少）读取〜/ .bash_profile，因此将PATH变量添加到.sh脚本中可解决此问题。

1）您的* .Rnw脚本

这是您可以在没有RStudio问题的情况下编译的任何knitr脚本。

2）A * .R脚本

#!/Library/Frameworks/R.framework/Resources/Rscript
library("knitr")
setwd("~/some_directory")
knit2pdf("yourscript.Rnw", output = "yourscript.tex")

3）A * .sh脚本

确保您的LaTeX安装有PATH变量。

#! /bin/bash 

PATH="/usr/texbin:${PATH}"
export PATH

Rscript yourscript_dispatcher.R

此解决方案适用于R版本3.3.2（2016-10-31）的OSX Yosemite 10.10.5。