writeNIfTI失败 - if（！all（object @ dim_ [indices]＆gt; 0＆amp; pixdim（object）[indices]＆gt;中的错误：缺少值，其中需要TRUE / FALSE

Question

我正在尝试写出我从DICOM图像创建的NIfTI文件。在这个例子中，我使用的是Kaggle的数据科学碗中的DICOM图像。

您必须接受下载示例文件的条款，但可以在“stage1”文件夹中找到：

https://www.kaggle.com/c/second-annual-data-science-bowl/data

NIfTI-1 format
  Type            : nifti
  Data Type       : 4 (INT16)
  Bits per Pixel  : 16
  Slice Code      : 0 (Unknown)
  Intent Code     : 0 (None)
  Qform Code      : 2 (Aligned_Anat)
  Sform Code      : 2 (Aligned_Anat)
  Dimension       : 512 x 512 x 111
  Pixel Dimension : 0.68 x 0.68 x NA
  Voxel Units     : mm
  Time Units      : sec

fname="output_3D_file"
writeNIfTI(nim=nii_test, filename=fname)

Error in if (!all(object@dim_[indices] > 0 & pixdim(object)[indices] >  : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

select to_char(d, 'YYYY') as year, count(id) as total
from
    jb_persona
    right join
    generate_series(
        date_trunc('year', now() - interval '10 years'),
        now(), interval '1 year'
    ) gs(d) on gs.d = date_trunc('year', fecha_conversion)
where id_iglesiafk = aidiglesia
group by 1

Answer 1

异常是由像素尺寸中的NA引起的

nii_test @ pixdim [4]＆lt; - 1

将像素尺寸修正为0.68 x 0.68 x 1

在此步骤之后，我可以保存文件。

在比赛中祝你好运！