Rmarkdown Pandoc问题

时间:2017-01-17 02:15:56

标签: r knitr r-markdown pandoc

我一直致力于开发一个闪亮的仪表板,它有一个下载PDF的按钮。我一直在我的Windows 7机器上本地工作,使用以下内容:

  • R 3.3.1
  • RStudio 0.99.902

我已经很好地开发了仪表板,* .Rmd文件也可以正常工作,虽然它花了一些时间来弄清楚一些格式化的东西。除了使用header.tex文件格式化一些内容之外,一切都是标准的。我没有使用任何特殊包装或类似的东西。

最后,此仪表板应该在我为最终用户设置的Redhat 6.8框上运行。在此框中,我安装了以下内容:

  • R 3.3.1(此安装带有一些标准的texlive依赖项)
  • Pandoc 1.9.4.1-1.1.el6

我确保所有必需的软件包都安装在R安装中(rmarkdown,knitr,shiny等等)。

尝试编织/渲染* .Rmd文件时出现问题:

> rmarkdown::render("pdfReport.Rmd")
  Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available).

因此,经过大量搜索,我发现RedHat repos(以及其他发行版)往往带有更多旧版本的pandoc,而Windows安装的RStudio我带有一个与我需要的项目兼容的pandoc.exe。

我的下一步行动是手动安装pandoc。我找到了以下内容:

http://pandoc.org/installing.html

它将引导您通过堆栈下载和安装。所以我安装了Haskell-platform和Haskell工具集以获得" stack"。然后我尝试使用该过程编译几个不同版本的pandoc,没有任何成功和大量的编译错误。

所有这些都说明了,有可能出现以下情况之一:

  1. 轻松在RedHat 6.8上安装当前版本(1.12或更新版本)的pandoc?也许某个地方有一个RPM?
  2. 使我在安装时当前拥有的安装参数(RHEL 6.8,R 3.3.1和pandoc 1.9.4.1)一起工作?也许是某种覆盖。
  3. 提前致谢!

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

Pandoc 1.17目前在Fedora repo,它应与RedHat兼容,对吗?

但1.17已经很老了。因此,compiling from source可能是您的最佳选择,并使用stack它非常直接:

git clone https://github.com/jgm/pandoc
cd pandoc
git submodule update --init   # to fetch the templates
stack setup                   # to fetch ghc
stack install