我在Python 2.7中有一个ruffus管道,但是当我用-n
或--just_print
调用它时,它仍然运行所有实际任务,而不是像它一样打印管道&#39应该是的。我:
*没有-n
参数可以取代内置(尽管我有其他命令行参数)
*拥有@transform()
或@merge()
装饰器的一堆函数
*通过run_pipeline()
调用结束管道
还有其他人遇到过这个问题吗?非常感谢!
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从ruffus 2.4版本开始,您可以使用内置ruffus.cmdline
,它通过使用cmdline.py
的{{1}}模块存储相应的标志,例如:
argparse
然后使用如下命令从终端运行管道:
from ruffus import *
parser = cmdline.get_argparse(description='Example pipeline')
options = parser.parse_args()
@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
with open(output,"w") as f:
f.write("it's working!\n")
cmdline.run(options)
如果您想手动执行此操作(这对于较旧版本的ruffus是必需的),您可以使用python script.py --verbose 6 --target_tasks run_testFunction --just_print
来调用pipeline_printout()
而不是pipeline_run()
,以便{{1} } flag指向适当的调用,例如:
argparse
然后您将运行如下命令:
--just_print