Question

我有两个数据框; mRNA（here）和RPPA（here）。 mRNA数据框有1,212列，而RPPA数据框有937列。 RPPA数据框中的所有列名称也会出现在mRNA数据框中（但顺序不同）。在列中，两个数据帧之间的值不同我想创建一个new mRNA数据框，其中包含与RPPA数据框相同的列，不会包含未显示在（＆＃34;旧＆＃34;）mRNA数据框一个例子：

mRNA <- data.frame(A=c(25,76,23,45), B=c(56,89,12,452), C=c(45,456,243,5), D=c(13,65,23,16), E=c(17:20), F=c(256,34,0,5))  
RPPA <- data.frame(B=c(46,47,45,49), A=c(51,87,34,87), D=c(76,34,98,23))

预期结果将是：

> new.mRNA
B     A     D
56    25    13
89    76    65
12    23    23
452   45    16

我已经尝试将RPPA列名转换为向量，而不是像命令here那样使用命令mRNA[col.names.vector]，但它不起作用。它给出了错误undefined columns selected。

有没有快速的方法（没有函数，循环等）？

Answer 1

您可以按照以下代码在两个数据框中找到不同的列。

col_name=colnames(mRNA[which(!(colnames(mRNA) %in% colnames(RPPA)))])

new_mRNA=mRNA %>% select(-col_name)

Answer 2

我们可以将mRNA按“RPPA”的列名进行分组，并将其分配给“RPPA”

RPPA[] <- mRNA[names(RPPA)]

Answer 3

带有向量的data.frame的子集应该有效。

创建要保留的列名称的向量
使用此向量为您设置data.frame

mRNA <- data.frame(A=c(25,76,23,45), B=c(56,89,12,452), C=c(45,456,243,5), D=c(13,65,23,16), E=c(17:20), F=c(256,34,0,5))  
RPPA <- data.frame(B=c(46,47,45,49), A=c(51,87,34,87), D=c(76,34,98,23))  

mRNA
#>    A   B   C  D  E   F
#> 1 25  56  45 13 17 256
#> 2 76  89 456 65 18  34
#> 3 23  12 243 23 19   0
#> 4 45 452   5 16 20   5
RPPA
#>    B  A  D
#> 1 46 51 76
#> 2 47 87 34
#> 3 45 34 98
#> 4 49 87 23
mRNA[, names(RPPA)]
#>     B  A  D
#> 1  56 25 13
#> 2  89 76 65
#> 3  12 23 23
#> 4 452 45 16

Answer 4

发布的两个答案对我的数据都不起作用。多亏了这两个答案，并进行了一些研究，我想出了答案： 首先，您需要生成一个向量，该向量仅包含出现在BOTH数据框中的列名。为此，我使用了命令intersect和Reduce：

target <- Reduce(intersect, list(colnames(raw.mRNA), colnames(RPPA)))

现在你可以使用给出的答案：

new.mRNA <- mRNA[target]

这将生成一个具有正确值的新数据框感谢@akrun和@Titolondon的帮助

识别两个数据帧中的相同列并在r中提取它们

4 个答案: