Question

我用pari.h头文件写了一个cpp源代码：

#include<string>
#include<vector>
#include<algorithm>
#include<cmath>
#include<stdlib.h>
#include<time.h>
#include<iterator> // for ostream_iterator
#include<strings.h>
#include<string.h>
#include<sstream>
#include <pari/pari.h> // for PARI/GP library
#include<Rcpp.h> // for sourceCpp to work, this line must be uncommented

// Enable C++11 via this plugin (Rcpp 0.10.3 or later)
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]

using namespace std;
using namespace Rcpp; // for sourceCpp to work, this line must be uncommented

// [[Rcpp::export]]
int main() {

    long maxp = 1000000; // max value
    pari_init(500000,2); // initiate pari
    size_t rsize = 500000; // set stack size variables
    size_t vsize = 100000000;

    void paristack_setsize(size_t rsize, size_t vsize); // declare stack function
    paristack_setsize(rsize, vsize); // set stack size
    gp_allocatemem(stoi(100000000)); // allocate memory
    GEN p1; // declare PARI variable

    p1 = cgetg(maxp, t_VEC); // make the PARI variable a vector
    long j; // declare the variable for the number to be checked. one above the vector iterator
    for (long i = 0; i <= maxp; ++i) { // iterate over PARI vector
        j = i + 1; // decrement index for number
        gel(p1, i) = sumdiv(stoi(j)); // calculate the sum of divisors and update the vector
    }

    vector<long> p2(maxp); // empty vector of native type
    GEN x; // declare a PARI variable to subset PARI vector
    for (long i = 0; i < maxp; i++) { // for2, across vector indices
        x = gel(p1, i); // subset one item of vector
        p2[i] = gtolong(x); // convert PARI to native long integer and update long vector item
    } // close for2

    for (long z = 0; z < maxp; z++) { // for3, to iterate for stdout
        cout << p2[z] << '\n'; // return the result. the vector items are printed separately
    } // close for3

} // close function

（注意，可能有不必要的标题，我通常会跨源复制所有标题，但这不是问题）。没有pari.h标题的类似源文件与Rcpp编译良好，包含必要的部分（例如标题，命名空间，导出行等）。

当Rcpp相关引用被注释时，源代码编译得很好并且在使用以下标志直接使用g ++编译时没有问题：

g++ -lpari -fpermissive -Wall -Wextra -lm -fno-strict-aliasing -fomit-frame-pointer -o sumdivisors.o sumdivisors.cpp

我还将这些标志导入R：

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-lpari -fpermissive -Wall -Wextra -lm -fno-strict-aliasing -fomit-frame-pointer")

我还在/usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include/创建了一个符号链接到/usr/include下的pari目录。

然而，sourceCpp命令的输出是这样的：

> sourceCpp("sumdivisors.cpp")
In file included from /usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include/Rcpp/r/headers.h:48:0,
                 from /usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include/RcppCommon.h:29,
                 from /usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include/Rcpp.h:27,
                 from sumdivisors.cpp:15:
/usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include/Rcpp/platform/compiler.h:47:0: warning: "GCC_VERSION" redefined
     #define GCC_VERSION (__GNUC__ * 10000 + __GNUC_MINOR__ * 100 + __GNUC_PATCHLEVEL__)                                                                                                      

In file included from /usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include/pari/pari.h:16:0,
                 from sumdivisors.cpp:14:
/usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include/pari/paricfg.h:19:0: note: this is the location of the previous definition
 #define GCC_VERSION "gcc version 6.2.1 20160830 (GCC)"                                                                                                                                       

Error in dyn.load("/tmp/Rtmpc9edZe/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.8/sourcecpp_188e46b44088/sourceCpp_2.so") :                                                                             
  unable to load shared object '/tmp/Rtmpc9edZe/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.8/sourcecpp_188e46b44088/sourceCpp_2.so':                                                                  
  /tmp/Rtmpc9edZe/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.8/sourcecpp_188e46b44088/sourceCpp_2.so: undefined symbol: pari_mainstack

我复制了包括或不包含C ++ 11启用行的步骤，没有任何改变。我也改变了gcc标志，没有结果。似乎gcc版本定义和pari_mainstack的定义存在问题。

我认为问题不在于如何编写源代码。下面两个例子中，上面的cpp代码被转换为一个返回向量的函数，而且函数不是main。还提供了一个与Rcpp编译良好的类似且简单的代码：

#include<stdio.h>
#include<numeric> // for "accumulate"
#include<iostream>
#include<string>
#include<vector>
#include<algorithm>
#include<cmath>
#include<stdlib.h>
#include<time.h>
#include<iterator> // for ostream_iterator
#include<strings.h>
#include<string.h>
#include<sstream>
#include <pari/pari.h> // for PARI/GP library
#include<Rcpp.h> // for sourceCpp to work, this line must be uncommented

// Enable C++11 via this plugin (Rcpp 0.10.3 or later)
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]

using namespace std;
using namespace Rcpp; // for sourceCpp to work, this line must be uncommented

// [[Rcpp::export]]
vector<long> sumdivisors() {

    long maxp = 1000000; // max value
    pari_init(500000,2); // initiate pari
    size_t rsize = 500000; // set stack size variables
    size_t vsize = 100000000;

    void paristack_setsize(size_t rsize, size_t vsize); // declare stack function
    paristack_setsize(rsize, vsize); // set stack size
    gp_allocatemem(stoi(100000000)); // allocate memory
    GEN p1; // declare PARI variable

    p1 = cgetg(maxp, t_VEC); // make the PARI variable a vector
    long j; // declare the variable for the number to be checked. one above the vector iterator
    for (long i = 0; i <= maxp; ++i) { // iterate over PARI vector
        j = i + 1; // decrement index for number
        gel(p1, i) = sumdiv(stoi(j)); // calculate the sum of divisors and update the vector
    }

    vector<long> p2(maxp); // empty vector of native type
    GEN x; // declare a PARI variable to subset PARI vector
    for (long i = 0; i < maxp; i++) { // for2, across vector indices
        x = gel(p1, i); // subset one item of vector
        p2[i] = gtolong(x); // convert PARI to native long integer and update long vector item
    } // close for2

    return(p2);
    /*
    for (long z = 0; z < maxp; z++) { // for3, to iterate for stdout
        cout << p2[z] << '\n'; // return the result. the vector items are printed separately
    } // close for3
    */

} // close function

。

#include<stdio.h>
#include<iostream>
#include<string>
#include<vector>
#include<algorithm>
#include<cmath>
#include<math.h>
#include<time.h>
#include<Rcpp.h>

using namespace std;
using namespace Rcpp;

//#include "std_lib_facilities.h"

// [[Rcpp::export]]
int pe001Cpp(int x) { // define a function pe001 with one in$teger input
    int sum35 = 0; // define a scalar for the sum. start value is 0
    for (int i=1; i<x; ++i) { // for 1 loop for counting up to x
        if (i % 3 == 0 || i % 5 == 0) { // if 1, divisible by 3 or 5
            sum35 += i; // update sum
        } // close if 1
    } // close for 1
    return sum35; // return the final value
} // close function

// [[Rcpp::export]]
int pe001Cppb(int x) { // efficient method
    int sumdivisible(int x, int y); // declare the below function in this scope
    return sumdivisible(x, 3) + sumdivisible(x, 5) - sumdivisible(x, 15); // return the total sum
} // close function pe001Cppb

int sumdivisible(int x, int y) { // sum of terms divisibile by y
    int ny = floor ((x-1) / y); // number of terms less than x and divisible by y
    return ny * (ny + 1) / 2 * y; // return the sum
} // close function sumdivisible

执行直接编译二进制文件的过滤后的strace输出如下：

open("/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.5", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libstdc++.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libm.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libgcc_s.so.1", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libgmp.so.10", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libdl.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libpthread.so.0", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libnss_compat.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libnsl.so.1", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libnss_nis.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libnss_files.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3

正如我们从https://github.com/rstats-db/RPostgres/issues/80看到的那样，问题可能是链接库的错误版本，可以通过符号链接来解决。所以我必须知道Rcpp尝试链接哪些库文件。

更新

Scanelf输出显示有问题的符号位于/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.2.9.1中。

[s@SS ~]$ scanelf -l -s pari_mainstack | grep pari_mainstack
ET_DYN pari_mainstack /usr/lib/libpari-gmp-tls.so.2.9.1

g ++编译文件的strace输出显示可执行文件链接到/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.5，它本身是2.9.1版本的符号链接：

[s@SS library]$ strace ./sumdivisors3.o |& grep so | grep -v "No such file"
execve("./sumdivisors3.o", ["./sumdivisors3.o"], [/* 79 vars */]) = 0
open("/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.5", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libstdc++.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libm.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libgcc_s.so.1", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libgmp.so.10", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libdl.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libpthread.so.0", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
socket(AF_UNIX, SOCK_STREAM|SOCK_CLOEXEC|SOCK_NONBLOCK, 0) = 3
socket(AF_UNIX, SOCK_STREAM|SOCK_CLOEXEC|SOCK_NONBLOCK, 0) = 3
open("/usr/lib/libnss_compat.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libnsl.so.1", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libnss_nis.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
open("/usr/lib/libnss_files.so.2", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3

sourceCpp命令创建的sourceCpp_4.so文件的ldd输出如下：

[s@SS library]$ ldd /tmp/Rtmpau9YqY/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.8/sourcecpp_3a105ad2bdba/sourceCpp_4.so
        linux-vdso.so.1 (0x00007ffc28f9d000)
        libR.so => not found
        libstdc++.so.6 => /usr/lib/libstdc++.so.6 (0x00007f5077111000)
        libm.so.6 => /usr/lib/libm.so.6 (0x00007f5076e0d000)
        libgcc_s.so.1 => /usr/lib/libgcc_s.so.1 (0x00007f5076bf6000)
        libc.so.6 => /usr/lib/libc.so.6 (0x00007f5076858000)
        /usr/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000564489276000)

我使用ldd跟踪了所有这些文件，并且没有指向/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.2.9.1或/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.5库的链接。所以问题是为什么在给定必要的头文件的同时sourceCpp链接到那些文件（并且g ++可以）？

更新

sourceCpp的详细输出显示以下命令：

g++  -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include  -I"/usr/local/lib64/R/library/Rcpp/include" -I"/home/s/codes/cpp/projecteuler/library"  -lpari -fpic  -g -O2 -c sumdivisors2.cpp -o sumdivisors2.o
g++ -shared -L/usr/local/lib64/R/lib -L/usr/local/lib64 -o sourceCpp_5.so sumdivisors2.o -L/usr/local/lib64/R/lib -lR

我设置了标志（事实上-lpari就足够了：

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-lpari")

根据gp2c输出，-lpari标志也应该包含在链接阶段，但这里的链接命令没有。它可以成为问题的根源吗？或者在此之前，为什么sourceCpp_5.so文件没有链接到必要的pari库？

结局：

还应通过以下方式显式声明链接的依赖库：

Sys.setenv（＆＃34; PKG_LIBS＆＃34; =＆＃34; -lm -lpari -lc＆＃34;）

库标志由gp2c输出给出。顺便说一下gcc版本问题，而不是创建一个原始pari头目录的符号链接，我在R库路径中创建了一个副本并注释掉了该行：

// #define GCC_VERSION＆＃34; gcc version 6.2.1 20160830（GCC）＆＃34;

现在编译成功了，R可以在R中的数论理论计算中享受PARI / GP速度，这要归功于Rcpp！

Answer 1

没有pari.h标题的类似源文件与Rcpp编译良好，包含必要的部分（如标题，命名空间，导出行等）

使用sourceCpp()时，一般用例不涉及使用系统安装的库，例如pari ，而无需使用已安装的R包以前建立了适当的链接标志。因此，单独的包将处理表面pari到R会话，然后注册Rcpp插件管理器的插件，以便在头文件之后可以包含// [[Rcpp::depends(pkgname)]]来设置适当的链接语句。

说到这一点，让pari与Rcpp合作的第一个步骤是建立一个 RcppPari 包，最好是{{3} }。

为此，您可能需要：

RcppGSL：验证用户系统上是否存在库并且系统配置非常合适（例如编译器有效等）
configure.ac：设置适当的预处理程序标志，以处理程序包中嵌入的代码应该如何编译和链接。（见下文链接。）
src/Makevars.in：建立设置脚手架以使用sourceCpp()和cppFunction()所必需的插件（上面讨论的是＆＃34;理想＆＃34;解决方案）。

我使用ldd跟踪了所有这些文件，并且没有指向/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.2.9.1或/usr/lib/libpari-gmp-tls.so.5库的链接。所以问题是为什么在给定必要的头文件的同时sourceCpp链接到那些文件（并且g ++可以）？

正如您所发现的那样，-lm -lpari -lc中PKG_CXXFLAGS的使用在链接阶段是否适当地调用了。相反，需要在PKG_LIB选项中设置标志。 @jtilly在评论中强调了这一点。

在深入编写程序包之前，您可能希望在Makevars文件中查看R中预处理程序标志背后的不同含义：

Rcpp不使用pari.h头

1 个答案: