在给定深度截止值的分支下留下名称

Question

我想知道dendrogram给定深度中断的方式，我可以在深度截止点以下的每个分支获得所有叶子的名称列表。它的后代。

例如，我创建了这个dendrogram：

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat))))

使用dendextend绘图：

require(dendextend)
dend %>% plot

将深度截止值定义为14.5：

abline(h=14.5,col="red")

我的清单应该是：

list(c(5),c(7),c(8),c(10,4,9),c(3,6,1,2))

Answer 1

set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),nrow=100,ncol=10)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(mat))))

require(dendextend)
dend %>% plot
abline(h=14.5,col="red")

cutree中的function dendextend接受高度截止值，并返回具有群组成员资格的整数vector：

> cutree(dend,h=14.5)
 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 
 1  1  1  2  3  1  4  5  2  2 

Answer 2

不完全确定这是否是您所追求的答案，但您可以像这样访问它们吗？

acme$Accounting$children %>% names()
"New Software"             "New Accounting Standards"

acme$IT$children %>% names()
"Outsource"   "Go agile"    "Switch to R"

大概你想自动这样做，所以它就像

names = c('Accounting', 'IT')
sapply(names, function(x) acme[[x]]$children %>% names(.))

我认为可能有一种更优雅的方式来做到这一点，但这看起来并不是一种可怕的方式。

修改

由于用户完全改变了问题，这里是一个新答案：

get_height = function(x){
  a = attributes(x)
  a$height
}

height = 14
dendrapply(dend, function(x) ifelse(get_height(x) < height, x, '')) %>% unlist()

您只需要访问树形图中每个终端节点的高度，并确定它是否高于或低于您想要的高度。不幸的是，这不会将来自同一父节点的叶节点组合在一起 - 但是，这不应该太难以添加一些修补。希望这能让你顺利上路。