如何以编程方式检测核心数并使用所有核心运行MPI程序

时间:2017-01-05 15:44:42

标签: mpi

我不想使用mpiexec -n 4 ./a.out在我的核心i7处理器(4核)上运行我的程序。相反,我想运行./a.out,让它检测核心数量并启动MPI以运行每个核心的进程。

这个问答unordered_map::find让我使用了mpiexec

我想避免使用mpiexec的原因是因为我的代码注定要成为我正在处理的大型项目中的库。较大的项目有一个GUI,用户将启动长计算,调用我的库,然后使用MPI。 UI和计算代码之间的集成并非易事......因此启动外部进程并通过套接字或其他方式进行通信不是一种选择。它必须是图书馆电话。

这可能吗?我该怎么做?

2 个答案:

答案 0 :(得分:4)

总的来说,这是非常重要的事情。此外,几乎没有任何便携式解决方案不依赖于某些MPI实现细节。以下是与Open MPI一起使用的示例解决方案,可能还有其他常规MPI实现(MPICH,Intel MPI等)。它涉及第二个可执行文件或原始可执行文件的手段,直接调用库提供了一些特殊的命令行参数。它是这样的。

假设原始可执行文件仅以./a.out启动。调用库函数时,它会调用MPI_Init(NULL, NULL),它会初始化MPI。由于可执行文件不是通过mpiexec启动的,因此它会回退到所谓的单例MPI初始化,即它创建一个由单个进程组成的MPI作业。要执行分布式计算,您必须启动更多MPI流程以及在一般情况下事情变得复杂的情况。

MPI支持动态进程管理,其中一个MPI作业可以启动第二个并使用 intercommunicators 与之通信。当第一个作业调用MPI_Comm_spawnMPI_Comm_spawn_multiple时会发生这种情况。第一个用于启动对所有MPI等级使用相同可执行文件的简单MPI作业,而第二个可以启动混合不同可执行文件的作业。两者都需要有关启动流程的位置和方式的信息。这来自所谓的 MPI Universe ,它不仅提供有关已启动进程的信息,还提供有关动态启动的插槽的信息。宇宙由mpiexec或其他一些启动器机制构成,该机制采用例如具有节点列表和每个节点上的槽数的主机文件。在没有此类信息的情况下,某些MPI实现(包括Open MPI)将简单地在与原始文件相同的节点上启动可执行文件。 MPI_Comm_spawn[_multiple]有一个MPI_Info参数,可用于提供具有特定于实现的信息的键值值列表。 Open MPI支持add-hostfile密钥,该密钥可用于指定在生成子作业时要使用的宿主文件。这对于例如允许用户通过GUI指定用于MPI计算的主机列表是有用的。但是,让我们专注于没有提供此类信息的情况,Open MPI只是在同一主机上运行子作业。

假设工作程序可执行文件名为worker。或者,如果使用某些特殊的命令行选项-worker调用,则原始可执行文件可以充当worker。如果要总共使用N进程执行计算,则需要启动N-1个工作程序。这很简单:

(单独的可执行文件)

MPI_Comm child_comm;
MPI_Comm_spawn("./worker", MPI_ARGV_NULL, N-1, MPI_INFO_NULL, 0,
               MPI_COMM_SELF, &child_comm, MPI_ERRCODES_IGNORE);

(相同的可执行文件,带选项)

MPI_Comm child_comm;
char *argv[] = { "-worker", NULL };
MPI_Comm_spawn("./a.out", argv, N-1, MPI_INFO_NULL, 0,
               MPI_COMM_SELF, &child_comm, MPI_ERRCODES_IGNORE);

如果一切顺利,child_comm将被设置为 intercommunicator 的句柄,可用于与新作业通信。由于互通人员使用起来很棘手,而且亲子工作部门需要复杂的程序逻辑,人们可以简单地将互通者的两个方面合并为一个“大世界”。替换MPI_COMM_WORLD的沟通者。在父母方面:

MPI_Comm bigworld;
MPI_Intercomm_merge(child_comm, 0, &bigworld);

在孩子身边:

MPI_Comm parent_comm, bigworld;
MPI_Get_parent(&parent_comm);
MPI_Intercomm_merge(parent_comm, 1, &bigworld);

合并完成后,所有流程都可以使用bigworld而不是MPI_COMM_WORLD进行通信。请注意,子作业不会与父作业共享MPI_COMM_WORLD

总而言之,这是一个包含两个独立程序代码的完整功能示例。

main.c

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

int main (void)
{
   MPI_Init(NULL, NULL);

   printf("[main] Spawning workers...\n");

   MPI_Comm child_comm;
   MPI_Comm_spawn("./worker", MPI_ARGV_NULL, 2, MPI_INFO_NULL, 0,
                  MPI_COMM_SELF, &child_comm, MPI_ERRCODES_IGNORE);

   MPI_Comm bigworld;
   MPI_Intercomm_merge(child_comm, 0, &bigworld);

   int size, rank;
   MPI_Comm_rank(bigworld, &rank);
   MPI_Comm_size(bigworld, &size);
   printf("[main] Big world created with %d ranks\n", size);

   // Perform some computation
   int data = 1, result;
   MPI_Bcast(&data, 1, MPI_INT, 0, bigworld);
   data *= (1 + rank);
   MPI_Reduce(&data, &result, 1, MPI_INT, MPI_SUM, 0, bigworld);
   printf("[main] Result = %d\n", result);

   MPI_Barrier(bigworld);

   MPI_Comm_free(&bigworld);
   MPI_Comm_free(&child_comm);

   MPI_Finalize();
   printf("[main] Shutting down\n");
   return 0;
}

worker.c

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

int main (void)
{
   MPI_Init(NULL, NULL);

   MPI_Comm parent_comm;
   MPI_Comm_get_parent(&parent_comm);

   int rank, size;
   MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
   MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
   printf("[worker] %d of %d here\n", rank, size);

   MPI_Comm bigworld;
   MPI_Intercomm_merge(parent_comm, 1, &bigworld);

   MPI_Comm_rank(bigworld, &rank);
   MPI_Comm_size(bigworld, &size);
   printf("[worker] %d of %d in big world\n", rank, size);

   // Perform some computation
   int data;
   MPI_Bcast(&data, 1, MPI_INT, 0, bigworld);
   data *= (1 + rank);
   MPI_Reduce(&data, NULL, 1, MPI_INT, MPI_SUM, 0, bigworld);

   printf("[worker] Done\n");
   MPI_Barrier(bigworld);

   MPI_Comm_free(&bigworld);
   MPI_Comm_free(&parent_comm);

   MPI_Finalize();
   return 0;
}

以下是它的工作原理:

$ mpicc -o main main.c
$ mpicc -o worker worker.c
$ ./main
[main] Spawning workers...
[worker] 0 of 2 here
[worker] 1 of 2 here
[worker] 1 of 3 in big world
[worker] 2 of 3 in big world
[main] Big world created with 3 ranks
[worker] Done
[worker] Done
[main] Result = 6
[main] Shutting down

子作业必须使用MPI_Comm_get_parent来获取父作业的互通者。当进程不属于此类子作业时,返回的值将为MPI_COMM_NULL。这允许在同一可执行文件中实现主程序和worker的简单方法。这是一个混合的例子:

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

MPI_Comm bigworld_comm = MPI_COMM_NULL;
MPI_Comm other_comm = MPI_COMM_NULL;

int parlib_init (const char *argv0, int n)
{
    MPI_Init(NULL, NULL);

    MPI_Comm_get_parent(&other_comm);
    if (other_comm == MPI_COMM_NULL)
    {
        printf("[main] Spawning workers...\n");
        MPI_Comm_spawn(argv0, MPI_ARGV_NULL, n-1, MPI_INFO_NULL, 0,
                       MPI_COMM_SELF, &other_comm, MPI_ERRCODES_IGNORE);
        MPI_Intercomm_merge(other_comm, 0, &bigworld_comm);
        return 0;
    }

    int rank, size;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
    printf("[worker] %d of %d here\n", rank, size);
    MPI_Intercomm_merge(other_comm, 1, &bigworld_comm);
    return 1;
}

int parlib_dowork (void)
{
    int data = 1, result = -1, size, rank;

    MPI_Comm_rank(bigworld_comm, &rank);
    MPI_Comm_size(bigworld_comm, &size);

    if (rank == 0)
    {
        printf("[main] Doing work with %d processes in total\n", size);
        data = 1;
    }

    MPI_Bcast(&data, 1, MPI_INT, 0, bigworld_comm);
    data *= (1 + rank);
    MPI_Reduce(&data, &result, 1, MPI_INT, MPI_SUM, 0, bigworld_comm);

    return result;
}

void parlib_finalize (void)
{
    MPI_Comm_free(&bigworld_comm);
    MPI_Comm_free(&other_comm);
    MPI_Finalize();
}

int main (int argc, char **argv)
{
    if (parlib_init(argv[0], 4))
    {
        // Worker process
        (void)parlib_dowork();
        printf("[worker] Done\n");
        parlib_finalize();
        return 0;
    }

    // Main process
    // Show GUI, save the world, etc.
    int result = parlib_dowork();
    printf("[main] Result = %d\n", result);
    parlib_finalize();

    printf("[main] Shutting down\n");
    return 0;
}

以下是输出示例:

$ mpicc -o hybrid hybrid.c
$ ./hybrid
[main] Spawning workers...
[worker] 0 of 3 here
[worker] 2 of 3 here
[worker] 1 of 3 here
[main] Doing work with 4 processes in total
[worker] Done
[worker] Done
[main] Result = 10
[worker] Done
[main] Shutting down

设计此类并行库时需要注意的一些事项:

  • MPI只能初始化一次。如有必要,请致电MPI_Initialized以检查库是否已初始化。
  • MPI只能最终确定一次。同样,MPI_Finalized是你的朋友。它可以像atexit()处理程序一样用于在程序退出时实现通用的MPI终结。
  • 在线程上下文中使用时(通常在涉及GUI时),必须初始化MPI并支持线程。请参阅MPI_Init_thread

答案 1 :(得分:0)

您可以使用例如this解决方案获取CPU数量,然后通过调用MPI_comm_spawn启动MPI流程。但是你需要一个单独的可执行文件。