我在Bioconductor上提出了这个问题，因为它是SPIA一揽子计划的特定内容，但我们没有收到回复，因此我将其发布在这里以吸引更多的观众。
我使用KEGGREST包下载了134个Malus domestica（＆＃39; mdm＆＃39;）路径，并使用makeSPIAdata（）函数成功制作了spia数据。我用这个库来评估两种不同苹果的途径，HoneyCrisp和Cripps Pink。然后，我调用了spia（）函数，在完成后它只显示了10条完成的路径。＆＃39;
length（dir（mydir））#Directory包含134个Malus kgml / xml通路文件。 [1] 134
在spia（）中，我的spia输入向量＆＃39; de＆＃39;和所有＆＃39;包含243个独特的探针集，我为每个探针集取了平均logFC。该数据集是adj.P.Value＆lt;的topTable limma结果的子集。 0.001。以下是HoneyCrisp苹果（HC）的运行。
res<-spia(de=DE_malus_HC, all=entrez_only, organism="mdm", nB = 2000,
pathids = NULL, data.dir="./", combine = 'fisher', plots = TRUE)
Done pathway 1 : RNA transport..
Done pathway 2 : RNA degradation..
Done pathway 3 : MAPK signaling pathway - plant..
Done pathway 4 : Plant hormone signal transduct..
Done pathway 5 : Sulfur relay system..
Done pathway 6 : SNARE interactions in vesicula..
Done pathway 7 : Autophagy..
Done pathway 8 : Protein processing in endoplas..
Done pathway 9 : Plant-pathogen interaction..
Done pathway 10 : Circadian rhythm - plant..>
res[ , -12] #Showing RES for HoneyCrisp Apples
Name ID pSize NDE pNDE tA pPERT pG pGFdr pGFWER
Status
1 MAPK signaling pathway - plant 04016 4 4 1
24.29737166 0.160 0.4532130 1 1 Activated
2 Plant hormone signal transduction 04075 14 14 1
11.93279398 0.292 0.6514524 1 1 Activated
3 Circadian rhythm - plant 04712 3 3 1
9.17881852 0.440 0.8012314 1 1 Activated
4 Plant-pathogen interaction 04626 2 2 1
0.02234003 0.987 0.9999151 1 1 Activated
5 Protein processing in endoplasmic reticulum 04141 1 1 1
0.00000000 NA 1.0000000 1 1 Inhibited
然后我使用了'mdm＆＃39;用于评估Cripps Pink（CP）苹果DE设置的库...
res<-spia(de=DE_malus_CP, all=entrez_only_CP, organism="mdm", nB = 2000,
pathids = NULL, data.dir="./", plots = TRUE)
Done pathway 1 : RNA transport..
Done pathway 2 : RNA degradation..
Done pathway 3 : MAPK signaling pathway - plant..
Done pathway 4 : Plant hormone signal transduct..
Done pathway 5 : Sulfur relay system..
Done pathway 6 : SNARE interactions in vesicula..
Done pathway 7 : Autophagy..
Done pathway 8 : Protein processing in endoplas..
Done pathway 9 : Plant-pathogen interaction..
Done pathway 10 : Circadian rhythm - plant..>
res[, -12]
Name ID pSize NDE pNDE tA pPERT pG pGFdr pGFWER Status
1 Plant hormone signal transduction 04075 4 4 1 -0.4086641 0.812
0.981103 1 1 Inhibited
2 Protein processing in endoplasmic reticulum 04141 1 1 1
0.0000000 NA 1.000000 1 1 Inhibited
虽然这些结果令人兴奋，但我有一些问题需要确保输出正确：
1）什么是印刷＆＃39;完成＆＃39;途径列表，为什么它只打印10个途径而不是所有134个途径？
2）对于HC和CP结果中内质网中的蛋白质加工，为什么这个途径在列表中，尽管pPERT =＆＃39; NA。＆＃39;那么，另一个人怎么做完了呢？途径（例如RNA转运，RNA降解，自噬......）不会出现在res输出中？如果tA = 0，pG = 1且pPERT =＆＃39; NA＆＃39;？
，这种内质网通路中的蛋白质加工是否被认为是显着的3）我没想到pSize和NDE彼此相等，所以所有pNDE都等于1 ...为什么pSize和NDE的值相同？
4）243 HC DE探针数据集的倍数变化值范围为+3.25至-4.38。因为我从具有adj.P.Value＆lt;基因探针组开始。 0.001，我将nB值降低到100，但结果是相同的，就像我使用nB = 2000。当我在127 CP DE探测器数据集上执行此操作时也是如此。为什么是这样？
感谢您阅读此内容，因为我尽量提供尽可能多的信息，同时简洁明了。我试图更详细地了解这个SPIA包，而不是在插图和参考手册中解释的
希望很快收到你的回复
谢谢，
富兰克林