Question

我文件中的数据存储在列中。这些列包含以“：”分隔的特定值。如果有管道'|'我想更新值在第6或第8列。

我的数据行如下：

0/1:38,59:97:99:.:.:2015,0,1366:0|1:.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.:1311:|:0.5  0/1:89,56:145:99:0|1:5238_G_C:2074,0,5187:.:.:.:.:. 0/1:31,65:96:99:.:.:2208,0,1170:.:.:.:.:.   0/1:58,74:132:99:.:.:2457,0,1761:.:.:.:.:.

在输入文件中，第8个字段的第一列中有一个管道。因此，第1个字段的值由第8个字段中的值更新。在第6或第8个区域将有一个管道而不是两个。其他现场位置的管道无关紧要。 对于上述输入，预期输出为：

0|1:38,59:97:99:.:.:2015,0,1366:0|1:.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.,.:1311:|:0.5  0/1:89,56:145:99:0|1:5238_G_C:2074,0,5187:.:.:.:.:. 0/1:31,65:96:99:.:.:2208,0,1170:.:.:.:.:.   0/1:58,74:132:99:.:.:2457,0,1761:.:.:.:.:.

而且，我有以下代码：

首先我更新第6个字段的值

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} {for (i=1;i<=NF;i++) { split($i,f,/:/); if (f[6]~/\|/) sub(/^[^:]+/,f[6],$i) } }1' 2ms01e_only.pHASER01.vcf > 2ms01e_PG_6th.pHASER01.vcf

然后从第8个位置更新值

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} {for (i=1;i<=NF;i++) { split($i,f,/:/); if (f[8]~/\|/) sub(/^[^:]+/,f[8],$i) } }1' 2ms01e_PG_6th.pHASER01.vcf > 2ms01e_PG_transfered.pHASER01.vcf

如何将上面的代码（两个单独的行）写成一行？因此，如果在第6或第8个字段中有管道，我可以更新第一个字段中的值。顺便说一句，更新的值是从第6或第8个字段中提取的。给定的代码执行我想要做的但我必须做两次。我只想要一行代码。

谢谢，

Answer 1

<强> V2

如果您只想将这2个代码组合在一起，这是一种方式：

awk 'BEGIN { FS=OFS="\t" } 
           { 
               for (i=1;i<=NF;i++) { 
                   split($i,f,/:/); 
                   if (f[6]~/\|/) 
                       sub(/^[^:]+/,f[6],$i);
                   if (f[8]~/\|/) 
                       sub(/^[^:]+/,f[8],$i);
               } 
           } 1' 2ms01e_only.pHASER01.vcf > 2ms01e_PG_6th.pHASER01.vcf

未测试。

如何将给定的两行awk代码合并为一行？

1 个答案: