Question

我正在为N（0,1）分布编写Metropolis-Hastings算法：

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector metropolis(int R, double b, double x0){
    NumericVector y(R);
    y(1) = x0;
    for(int i=1; i<R; ++i){
       y(i) = y(i-1);
       double xs = y(i)+runif(1, -b,b)[0];
       double a = dnorm(xs, 0, 1)[0]/dnorm(y(i), 0, 1)[0];
       NumericVector A(2);
       A(0) = 1;
       A(1) = a;
       double random = runif(1)[0];
       if(random <= min(A)){
            y[i] = xs;
       }
   }
   return y;
}

但每次我尝试编译该函数时，都会发生以下错误：

第12行：没有匹配函数来调用＆＃39; dnorm4＆＃39;

我尝试使用dnorm写一个简单的函数，比如

NumericVector den(NumericVector y, double a, double b){
    NumericVector x = dnorm(y,a,b);
    return x;
}

它有效。有人知道为什么我在Metropolis代码中有这种类型的错误吗？是否有其他方法在C ++代码中使用密度函数，如R？

Answer 1

在Rcpp中，有两组采样器 - 标量和矢量 - 按名称空间R::和Rcpp::分隔。它们是分开的：

标量返回单个值（例如double或int）
Vector会返回多个值（例如NumericVector或IntegerVector）

在这种情况下，您希望使用标量采样空间和不矢量采样空间。

这是显而易见的：

double a = dnorm(xs, 0, 1)[0]/dnorm(y(i), 0, 1)[0];

调用子集运算符[0]以获取向量中唯一的元素。

此问题的第二部分是

暗示的第四个参数的缺失部分

第12行：没有匹配函数来调用'dnorm4'

如果查看dnorm函数的R定义，您会看到：

dnorm(x, mean = 0, sd = 1, log = FALSE)

在这种情况下，您提供了除第四个参数以外的所有参数。

因此，您可能需要以下内容：

// [[Rcpp::export]]
NumericVector metropolis(int R, double b, double x0){
    NumericVector y(R);
    y(1) = x0; // C++ indices start at 0, you should change this!
    for(int i=1; i<R; ++i){ // C++ indices start at 0!!!
        y(i) = y(i-1);
        double xs = y(i) + R::runif(-b, b);
        double a = R::dnorm(xs, 0.0, 1.0, false)/R::dnorm(y(i), 0.0, 1.0, false);
        NumericVector A(2);
        A(0) = 1;
        A(1) = a;
        double random = R::runif(0.0, 1.0);
        if(random <= min(A)){
            y[i] = xs;
        }
    }
    return y;
}

旁注：

C ++索引从0开始而不是 1.因此，上面的向量在y填充y(1)向量而不是{{{ 1}}。我会留下这个练习让你纠正。

Rcpp - 如何在C ++代码中使用分布函数

1 个答案: