Question

我正在尝试使用纯素包中的ordiR2step函数。我可以通过以下方式使类似的ordistep函数正常工作：

mrday1<-rda(y1bio~y1local + y1region + y1comp + (y1local * y1region)....)
Aiy1<-ordistep(mrday1,perm.max=200)
Aiy1$anova

但我不认为我完全理解'范围'部分是如何工作的，所以我不相信ordistep正在给我我正在寻找的东西，也不能让ordiR2step工作（它需要范围）。

在文档中，它说范围：

“定义逐步搜索中检查的模型范围应该是单个公式，或包含组件的列表上下两个公式。“

除了

之外没有使用它的例子

data(mite) 
data(mite.env) 
mite.hel = decostand(mite, "hel") 
mod0 <- rda(mite.hel ~ 1, mite.env)  # Model with intercept only mod1 <-
rda(mite.hel ~ ., mite.env)  # Model with all explanatory variables
step.res<-ordiR2step(mod0, mod1, perm.max = 200) 
step.res$anova  # Summary
#Note: this is a direct quote from the Vegan documentation

我对'范围'的功能感到困惑，因此如何最好地为它制作合适的公式。我试过了：

mrday0<-yda(y1bio~1,newAbioy1)
 mrday1<-rda(y1bio~y1local + y1region + y1comp + (y1local * y1region)....)
Aiy1<-ordiR2step(mrday1,scope=mrday0, perm.max=200)
Aiy1$anova

但是如果没有完全理解范围界定功能的作用，我就无法开始评估结果。的的问题：

1）“范围”实际上做了什么？

2）它在寻找什么样的公式？

UPDATE

我使用的完整功能代码是：

mrdayy02<-rda(y2bio ~ 1, datay2)
mrday2<-rda(y2bio~y2l + y2r 
         + y2c + y2lh + y2d
         + (y2l * y2r) + (y2l * y2c) + (y2l * y2lh) + (y2l * y2d)
         +               (y2r * y2c) + (y2r * y2lh) + (y2r * y2d)
         )
Aiy2<-ordiR2step(mrdayy02,scope=mrday2,direction="forward",R2scope= FALSE, perm.max=200)
Aiy2$anova

par(bg="transparent",new=FALSE)
plot(Aiy2,type="n",bty="n",main="RDAy2",
     xlab="RDA1",
     ylab="RDA2",
     col.main="black",col.lab="black", col.axis="white",
     xaxt="n",yaxt="n")
#abline(h=0,v=0,col="black",lwd=1)
points(Aiy2,display="species",col="gray",pch=20)
#text(rday2,display="species",col="gray")
points(Aiy2,display="cn",col="black",lwd=2)
text(Aiy2,display="cn",col="black",cex=0.5)

Answer 1

ordiR2step仅适用于前向选择（记录在案）。它从作为第一个参数给出的模型开始。第二个参数scope给出了试图推进的模型：scope必须给出最大可能模型的公式（最大模型）。我认为这回答了你的第一个问题。

公式必须与模型中使用的公式类似。 ordiR2step似乎是一种类型的功能，它还将从拟合的排序模型中提取公式。

您的示例是不可重现的（公式中的四个点会产生语法错误）。但是，在我看来myrday1是你的最大模型。所以它应该用作scope。您的myrday0仅包含常量（~ 1），并且可以将其用作模型开头。它可以用作函数中的第一个参数。以下应该有效：

ordiR2step(myrday0, myrday1)
ordiR2step(myrday0, scope = formula(myrday1)) # same, but more explicit

在您自己的示例中，您颠倒了这些模型的顺序，并将最大模型作为第一个参数（=初始模型）。这不起作用，因为ordiR2step无法转到backwards（另一个替代"both"意味着在向前迈出一步之后，它会尝试退一步，但它不能从最大模型中迈出第一步。

ordiR2step的“范围”部分的说明

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