Question

我正在使用GLM进行物种分布建模。我有来自GBIF（http://www.gbif.org/species/5846514）的 Caiman crocodilus 物种的（南美洲）数据和来自Worldclim的生物气候数据（http://worldclim.org/current）。我试图运行GLM以模拟物种分布（使用dismo包）：

modelGLM = pres ~ bioclim_10 + bioclim_11+ bioclim_16 + I(bioclim_16^2) + bioclim_17
GLM <- glm(modelGLM, family=binomial(link=logit), data=PresBackTrainRaw)
projecaoSuitability = predict(predictors, GLM, type='response')

直到这里，一切看起来都很好，但当我试图获得阈值（截止）时，负值正在返回：

library(dismo)
> evaluation=evaluate(p=presencesTest,a=backgroundTest,m=GLM,x=predictors)
> thresholdValues=threshold(evaluation,'spec_sens')  
> thresholdValues    
> [1] -2.578797

由于glm输出（类型=＆＃39;响应＆＃39;）的范围从0到1，因此负阈值没有意义。有人可以帮我看看有什么不对吗？

Answer 1

解决方案（由user20650提供）：

在type='response'中添加evaluate：

库（dismo）   评价=评估（P = presencesTest，A = backgroundTest，M = GLM，X =预测，类型=＆＃39;响应＆＃39;）   thresholdValues =阈值（评价，＆＃39; spec_sens＆＃39;）
  thresholdValues
  [1] 0.07042211

GLM返回阈值（截止）的负值（在R中）

1 个答案: