如何将样本ID复制并粘贴到标题的末尾

Question

我有一个带有标题的fasta文件，看起来像......

>DNA1111_0

>DNA2987_1

>DNA3674_5

我如何使用sed修改标题，使它们看起来像......

>DNA1111_0;sample=DNA1111

>DNA2987_1;sample=DNA2987

>DNA3674_5;sample=DNA3674

我无法得到正确的修改，谢谢。

Answer 1

使用GNU sed：

sed -E 's/^>(.*)(_.*)$/>\1\2;sample=\1/' file

输出：

>DNA1111_0;sample=DNA1111

>DNA2987_1;sample=DNA2987

>DNA3674_5;sample=DNA3674

Answer 2

任何支持-E的sed（例如GNU和OSX seds）：

$ sed -E 's/([^>_]+).*/&;sample=\1/' file
>DNA1111_0;sample=DNA1111

>DNA2987_1;sample=DNA2987

>DNA3674_5;sample=DNA3674