Question

我正在尝试按照Hui，Ibrahim和Sinha（1999）概述的方法实施具有固化分数的Weibull比例风险模型 - 具有生存分数的生存数据的新贝叶斯模型。但是，我不确定是否可以在JAGS中定义循环的随机限制。

library(R2OpenBUGS)
library(rjags)

set.seed(1234)
censored <- c(1, 1)
time_mod <- c(NA, NA)
time_cens <- c(5, 7)
tau <- 4
design_matrix <- rbind(c(1, 0, 0, 0), c(1, 0.2, 0.2, 0.04))

jfun <- function() {

  for(i in 1:nobs) {
    censored[i] ~ dinterval(time_mod[i], time_cens[i])
    time_mod[i] <- ifelse(N[i] == 0, tau, min(Z))

    for (k in 1:N[i]){
      Z[k] ~ dweib(1, 1)
    }

    N[i] ~ dpois(fc[i])
    fc[i] <- exp(inprod(design_matrix[i, ], beta)) 

  }

  beta[1] ~ dnorm(0, 10)
  beta[2] ~ dnorm(0, 10)
  beta[3] ~ dnorm(0, 10)
  beta[4] ~ dnorm(0, 10)
}

inits <- function() {
  time_init <- rep(NA, length(time_mod))
  time_init[which(!status)] <- time_cens[which(!status)] + 1
  out <- list(beta = rnorm(4, 0, 10),
              time_mod = time_init,
              N = rpois(length(time_mod), 5))
  return(out)
}

data_base <- list('time_mod' = time_mod, 'time_cens' = time_cens,
                  'censored' = censored, 'design_matrix' = design_matrix, 
                  'tau' = tau,
                  'nobs' = length(time_cens[!is.na(time_cens)]))


tc1 <- textConnection("jmod", "w")
write.model(jfun, tc1)
close(tc1)

# Calling JAGS
tc2 <- textConnection(jmod)
j <- jags.model(tc2,
                data = data_base,
                inits = inits(),
                n.chains = 1,
                n.adapt = 1000)

我观察到以下错误：

Error in jags.model(tc2, data = data_base, inits = inits(), n.chains = 1,  : 
  RUNTIME ERROR:
Compilation error on line 6.
Unknown variable N
Either supply values for this variable with the data
or define it  on the left hand side of a relation.

Answer 1

我不完全确定，但我很确定你不能在BUGS中声明一个随机数量的节点，因此它不会是特定的JAGS＆＃39;夸克。

尽管如此，你可以解决这个问题。

由于BUGS是一种声明性语言而不是程序性语言，因此足以声明一个任意但确定性数量的节点（让我们说＆＃34;足够大＆＃34;然后只将随机个数与分布和观察数据相关联，使其余节点保持确定性。

一旦观察到N[i]的最大值（让我们说N.max），您可以将其作为参数传递给JAGS然后更改此您的代码：

for (k in 1:N[i]){
  Z[k] ~ dweib(1, 1)
}

进入这个：

for (k in 1:N.max){
  if (k <= N[i]){
    Z[k] ~ dweib(1, 1)
  } else {
    Z[k] <- 0
  }
}

我希望这可以解决你的问题。所以请在后面给出反馈。

毋庸置疑，如果你有一些与确定性Z[k]相关的非零，观察到的数据，那么Jags内部的所有地狱都会破裂......

可以在JAGS中为循环定义随机限制吗？

1 个答案: