在R中创建过滤函数

Question

我正在尝试创建一个过滤函数，可以选择我使用此代码选择的相同基因，但我完全迷失了，不知道如何处理它

allB <- ALL[,which(ALL$BT %in% c("B1","B2", "B3","B4"))]
levels(allB$BT)[levels(allB$BT)=="B3"] <- "B34"
levels(allB$BT)[levels(allB$BT)=="B4"] <- "B34"

design.ma <- model.matrix(~ 0 + factor(allB$BT))
colnames(design.ma) <- c("B1","B2","B34")
fit <- lmFit(allB, design.ma) 
fit <- eBayes(fit) 
cont.ma <- makeContrasts(B1-B2,B2-B34, levels=factor(allB$BT)) 
cont.ma
fit1 <- contrasts.fit(fit, cont.ma)
fit1 <- eBayes(fit1)

dim( topTable(fit, number=Inf, p.value=0.05,adjust.method="fdr"))
min(exprs(allB)) 
dim( topTable(fit1, number=Inf, p.value=0.05, adjust.method="fdr"))

从表达组中选择总共1169个基因。