Question

我尝试使用bibliography.bib, nature.csl上的knitcitations个附件来附加myPkg_vignette.Rmd个文件，但是当我执行.Rmd文件时，出现了以下错误：

pandoc-citeproc.exe: Could not find bibliography.bib
pandoc.exe: Error running filter pandoc-citeproc
Filter returned error status 1
Error: pandoc document conversion failed with error

我查看了knitcitations手册以及如何方便地附加.csl, .bib文件，但我收到了警告，无法在myPkg_vignette.Rmd上附加这些文件。

修改：

这是bibliography.bib：

的上下文

@article{Vahid_Jalili_Musera_2015,
         title  = "MuSERA: Multiple Sample Enriched Region Assessment",
         author = {Vahid Jalili, Matteo Matteucci, Marco Masseroli, Marco J. Morelli},
         journal = "Briefings in Bioinformatics",
         year    = "2016",
         pages   = "1-15",
           url     = {http://bib.oxfordjournals.org/content/early/2016/03/23/bib.bbw029.abstract?keytype=ref&ijkey=8IlROGziM9XA7NS},
         doi     = "10.1093/bib/bbw029 ",
}

如何轻松地将bibliography.bib，nature.csl附在包装的小插图上？我在SO中阅读了一些帖子，我对给定的解决方案感到困惑。我使用knitcitations软件包时很新，我可能会错误地以正确的方式附加.bib, .csl files。任何人都可以帮我解决如何在Rstudio中解决这个问题吗？任何的想法？非常感谢：）

新编辑：

我已阅读this post并遵循解决方案：

setwd('C:/Users/me/Documents/myPkg')
Sys.setenv(TEXINPUTS=getwd(),
           BIBINPUTS=getwd(),
           BSTINPUTS=getwd())

但bibliography.bib未打印在.Rmd文件中。我将用于编织Rnw文件的全局选项更改为knitr。如何在.Rmd文件上打印出参考书目？还有什么进一步的帮助吗？

Answer 1

与Dirk一样，它对我有用。也许你没有把YAML放在一起，或者你从来没有引用任何东西。这是一个与您的bib文件一起使用的示例文档：

SandboxViolation: Project-X(3384) deny(1) file-read-data
/Library/Preferences/com.apple.PowerManagement.plist

有关详细信息，请参阅http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html。

Answer 2

对我来说问题是我的.bib文件列在.Rbuildignore中。删除条目解决了问题。

根据来自Duncan Murdoch的r-pkg-dev邮件列表回答，.Rbuildignore“对于与顶级包源目录相关的文件和目录名称不区分大小写”。

因此，条目xxx.bib在我的包目录中递归地忽略了所有.bib个文件，并且抛出了错误。

使用`knitcitations`包附加.csl，.bib文件的任何方法吗？

2 个答案: