Question

我有一个小的DNA序列fasta文件，如下所示：

序列1＆gt;
  ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC

序列2＆gt;
  CTAACCTCTCCCAGTGTGGAACCTCTATCTCATGAGAAAGCTGGGATGAG

问题

如何在d3.js中解析它？
- 喜欢计算以fasta格式存储的100个序列的平均序列，以及如何在d3中像2D对象一样捕获它。

2.如何在（开始，结束）位置提取子序列？

Answer 1

1.如何在d3.js中解析它？

D3.js是一个JavaScript（查看＆＃34; js＆＃34;）库，用于根据数据操作文档。所以，在一天结束时，D3 是 javascript，并且没有＆＃34;解析＆＃34;核酸序列的功能。

关于D3（实际上是关于JavaScript），您可以将DNA序列作为字符串处理：

"ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC..."

或作为数组：

["A", "C", "A", "T", "A"...]

或者，以一种繁琐的方式，作为一个对象数组：

[{position:1, base:"A"}, {position:2, base:"B"}...]

这取决于你。 FASTA是基于文本的，这意味着我们将数据视为字符串（第一个选项）。

2.如何在（开始，结束）位置提取子序列？

由于D3是一个javascript库，您必须使用JavaScript方法处理您的字符串。

例如，要查找序列中起点（TAC，对应于UAG密码子）三联体的位置，可以使用indexOf：

＆＃13;

var sequence = "ACATACTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC";

var start = "TAC";

console.log(sequence.indexOf(start))

＆＃13;

（请注意，我所知道的大多数计算机语言都是基于零的，这意味着前一个代码段中的结果2显示启动序列始于序列的第三个基础

或者，要将序列从给定的开始提取到给定的句点，您可以使用substring和indexOf：

＆＃13;

var sequence = "ACATACTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC";

var start = "TAC";

var stop = "GGC"

console.log(sequence.substring(sequence.indexOf(start), sequence.indexOf(stop)+3))

＆＃13;

PS ：除了实际的核苷酸序列外，FASTA文件还有一个标题和一堆其他东西。如果通过＆＃34;解析＆＃34; 您正在谈论从FASTA文件中仅提取序列，我建议您发布另一个问题，而不是标签D3，标记为Javascript，并说明了FASTA文件的内容。

如何在F3.TA

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