子项不从子目录连接到父文件

Question

我想在Rstudio中使用R和Latex代码创建可重现的研究文件。 我有父母和两个孩子.Rnw文件。我的文件夹组织是这样的：

+--project_folder
   +--data.csv
   +-- parent_folder
       +-- parent.Rnw
       +-- child1_folder
           +-- child1.Rnw
       +-- child2_folder
           +-- child2.Rnw

这是会话信息：

R version 3.3.1 (2016-06-21)
Running under: OS X 10.12.1 (Sierra)

parent.Rnw
在我的父文件夹中，我加载所有包，导入数据库并进行一些预处理，然后我将数据分析导航到两个独立的子项。

<blink>
\documentclass[10pt]{article}

\begin{document}

<<import-preprocess-data, echo=TRUE, eval=TRUE, error=TRUE, warning=TRUE, cache=FALSE>>=
#import data, packages and functions
library(rsubgroup)
library(SDEFSR)
library(xtable)
library(knitr)
library(ggplot2)

source("./supplement_function/VRE_e.faecium_func.R", chdir = TRUE)
source("./supplement_function/rule-subdataset.R", chdir = TRUE)
source("./supplement_function/confusion-matrix.R", chdir = TRUE)
source("./supplement_function/preprocess-database.R", chdir = TRUE)
source("./supplement_function/result-summary.R", chdir = TRUE)

file_path <- "../data.csv"

database <- read.table(file = file_path, header = TRUE, sep = ";")

#preprocess data
database <- preprocess_data(dataset = database)

#extract data for Enteroccocus faecium
data_E_faecium <- database[database$MICROORGANISM == "ENTEROCOCCUS FAECIUM", ]

<<rsubgroup-child, child="./subgroup_child/rsubgroup-analysis.Rnw", eval=TRUE>>=
@

\end{document}

<\blink>

这是我如何从子目录将子连接到父级。

<<rsubgroup-to-parent, echo=FALSE, cache=FALSE>>=
#connect with parent file
set_parent('../report.Rnw')
@

当我运行整个分析时，所有内容都按照它应该进行编译。当我尝试编译时，仅发生子错误，因为未包含来自父文件的前导码，并且子库中不存在库中的任何对象或函数。

这就是开始时错误的样子。