Question

我正在尝试读取从LINCS源提取的gctx文件以进行基因表达分析。 eed文件的代码在下面的链接中提供。 https://github.com/cmap/l1ktools。我正在使用提供的脚本，我已经获得了脚本。但是，当我尝试使用函数parse.gctx时，它会出现以下错误：

ds <- parse.gctx("../L1000 Data/zspc_n40172x22268.gctx")

reading ../L1000 Data/zspc_n40172x22268.gctx
Error in h5checktypeOrOpenLoc(file, readonly = TRUE) : 
  Error in h5checktypeOrOpenLoc(). Cannot open file. File 'C:\L1000 Data\zspc_n40172x22268.gctx' does not exist.

如何解决此问题并阅读我的gctx文件？

Answer 1

由于您获得的文件不存在＆＃39;错误，我认为问题是因为你在尝试阅读的文件的路径中有一个空格（特别是在＆＃34; L1000数据＆＃34;）;如果删除路径中的空格，它应该正确解析。

换句话说，尝试重命名＆＃34; L1000数据＆＃34;文件夹，而不是：

ds <- parse.gctx("../L1000 Data/zspc_n40172x22268.gctx")

你有以下几点：

ds <- parse.gctx("../L1000_Data/zspc_n40172x22268.gctx")

在R中读取gctx文件

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