Question

我不知道如何使用Snakemake规则删除已变得无用的Snakemake输出文件。

具体而言，我有一个规则bwa_mem_sam，可以创建一个名为{sample}.sam的文件。我有另一条规则bwa_mem_bam，它创建一个名为{sample.bam}的文件。

这两个文件是否包含不同格式的相同信息，我想删除第一个不能成功执行此操作。

非常感谢任何帮助。本。

rule bwa_mem_map:
    input:
        sam="{sample}.sam",
        bam="{sample}.bam"
    shell:
        "rm {input.sam}"

# Convert SAM to BAM.
rule bwa_mem_map_bam:
    input:
        rules.sam_to_bam.output


# Use bwa mem to map reads on a reference genome.
rule bwa_mem_map_sam:
    input:
        reference=reference_genome(),
        index=reference_genome_index(),
        fastq=lambda wildcards: config["units"][SAMPLE_TO_UNIT[wildcards.sample]],
    output:
        "mapping/{sample}.sam"
    threads: 12
    log: 
        "mapping/{sample}.log"
    shell:
        "{BWA} mem -t {threads} {input.reference} {input.fastq} > {output} 2> {log} "\
        "|| (rc=$?; cat {log}; exit $rc;)"


rule sam_to_bam:
    input:
        "{prefix}.sam"
    output:
        "{prefix}.bam"
    threads: 8
    shell:
        "{SAMTOOLS} view --threads {threads} -b {input} > {output}"

Answer 1

您不需要删除sam文件的规则。只需将“bwa_mem_map_sam”规则中的输出sam文件标记为临时：

rule bwa_mem_map_sam:
    input:
        reference=reference_genome(),
        index=reference_genome_index(),
        fastq=lambda wildcards: config["units"][SAMPLE_TO_UNIT[wildcards.sample]],
    output:
        temp("mapping/{sample}.sam")
    threads: 12
    log: 
        "mapping/{sample}.log"
    shell:
        "{BWA} mem -t {threads} {input.reference} {input.fastq} > {output} 2> {log} "\
        "|| (rc=$?; cat {log}; exit $rc;)"

一旦不再需要临时文件（即：在任何其他规则中不用作输入），它将被snakemake删除。

评论后编辑：如果我理解正确，您的声明“如果用户要求使用sam ...”则表示将sam文件放入目标规则中。如果是这种情况，那么只要目标规则的输入包含sam文件，该文件就不会被删除（我猜）。如果将bam文件放入目标规则（而不是sam），那么它将被删除。

另一种方式是：

rule bwa_mem_map:
    input:
        sam="{sample}.sam",
        bam="{sample}.bam"
    output:
        touch("{sample}_samErased.txt")
    shell:
        "rm {input.sam}"

并在目标规则中询问“{sample} _samErased.txt”。

Answer 2

根据上面的评论，您想询问用户是否需要sam或bam输出。

您可以将其用作配置参数：

snakemake --config output_format=sam

然后你使用这种Snakefile：

samples = ['A','B']

rule all:
    input:
        expand('{sample}.mapped.{output_format}', sample=samples, output_format=config['output_format'])

rule bwa:
    input: '{sample}.fastq'
    output: temp('{sample}.mapped.sam')
    shell:
        """touch {output}"""
rule sam_to_bam:
    input: '{sample}.mapped.sam'
    output: '{sample}.mapped.bam'
    shell:
        """touch {output}"""

Snakemake：删除输出文件

2 个答案: