Question

完全初学者，如果这很明显，我很抱歉！

我有一个名称为|的文件+/-或IG_name |如此长列表中的0 -

S1      +
IG_1    0
S2      -
IG_S3   0
S3      +
S4      -
dnaA    +
IG_dnaA 0

以IG_开头的所有内容都有相应的名称。我想将+或 - 添加到IG_name。例如IG_S3就像S3一样。

信息是基因名称和链信息，IG =基因间区域。基本上我想知道基因间区域在哪条链上。

我认为我想要的是：

open file
for every line, if the line starts with IG_*
    find the line with *
    print("IG_" and the line it found)
else 
    print line

我有什么：

with open(sys.argv[2]) as geneInfo:
    with open(sys.argv[1]) as origin:
            for line in origin:
                    if line.startswith("IG_"):
                            name = line.split("_")[1]
                            nname = name[:-3]
                            for newline in geneInfo:
                                    if re.match(nname, newline):
                                            print("IG_"+newline)
                    else:
                            print(line)

其中origin是混合列表，而geneInfo只有名称不是IG_names。

使用此代码，我最终会得到一个仅包含else语句的列表。

S1  +

S2  -

S3  +

S4  -

dnaA    +

我的问题是我不知道搜索有什么问题，所以我可以（尝试）修复它！

Answer 1

下面是一些逐步注释的代码，希望能够做你想要的（虽然不是使用print我已经将结果聚合到一个列表中，所以你可以实际使用它）。我不太确定您的现有代码发生了什么（特别是您如何处理两个文件？）

s_dict = {}
ig_list = []

with open('genes.txt', 'r') as infile: # Simulating reading the file you pass in sys.argv
    for line in infile:
        if line.startswith('IG_'):
            ig_list.append(line.split()[0]) # Collect all our IG values for later
        else:
            s_name, value = line.split()    # Separate out the S value and its operator
            s_dict[s_name] = value.strip()  # Add to dictionary to map S to operator

# Now you can go back through your list of IG values and append the appropriate operator
pulled_together = [] 

for item in ig_list:
    s_value = item.split('_')[1]
    # The following will look for the operator mapped to the S value. If it is 
    # not found, it will instead give you 'not found'
    corresponding_operator = s_dict.get(s_value, 'Not found') 
    pulled_together.append([item, corresponding_operator])

print ('List structure')
print (pulled_together)
print ('\n')

print('Printout of each item in list')
for item in pulled_together:
    print(item[0] + '\t' + item[1])

Answer 2

 nname = name[:-3]

Python通过列表切片非常强大，但要正确理解可能很棘手。

当您写[：-3]时，除最后三项外，您将获取所有内容。问题是，如果列表中的元素少于三个，则不会返回错误，而是返回空列表。

我认为这是事情不起作用的地方，因为每行没有太多元素，它会返回一个空列表。如果你能说出你究竟希望它返回那里，通过一个例子或其他东西，它会有很大的帮助，因为我真的不知道你想要用你的切片得到什么。

Answer 3

这样做你想要的吗？

from __future__ import print_function

import sys

# Read and store all the gene info lines, keyed by name
gene_info = dict()                            
with open(sys.argv[2]) as gene_info_file:
    for line in gene_info_file:
        tokens = line.split()
        name = tokens[0].strip()
        gene_info[name] = line


# Read the other file and lookup the names
with open(sys.argv[1]) as origin_file:
    for line in origin_file:
        if line.startswith("IG_"):
                name = line.split("_")[1]
                nname = name[:-3].strip()
                if nname in gene_info:
                    lookup_line = gene_info[nname]
                    print("IG_" + lookup_line)
                else:
                    pass # what do you want to do in this case?
        else:
            print(line)

python newbie - 我的if / else错在哪里？

3 个答案: