我需要将2个序列(或仅2个文件)与
进行比较seq1 .TT..GCCT ..
seq2 TAT.CGCCAC。
2 45 9
2,4,5,9是存在差异的位置,我需要计算它们之间的距离。 我有脚本来比较2个序列和计算距离,但
问题1)我想忽略序列开始和结束时的点(。),但要考虑中间点。你是如何在python中做到的?怎么称呼这个任务?
问题2)如果我有一个彼此旁边的差异,我需要把它作为一个块,所以2-4距离将是2,2-5将被忽略,4-9ignign,5-9计数和2- 9将是7(将4和5计为2),我该怎么做?
答案 0 :(得分:0)
所以我找到了一种方法,我想知道是否有更简单的东西。 我会先重新输入问题
如果你有一个清单
a = [1, 2, 3, 7, 10, 11, 12, 18, 20, 21]
问题1)如何删除仅连续值的前导和尾随组(前导由内部编号1定义,尾部编号为21)并以列表{{1}结尾}。
问题 2)你将如何计算这些数字之间的距离,并以列表c = [3,4]结束(它将连续数字视为一个块,并且10-7 = 3,然后是18-12 = 4)。 我的意见:
b = [7, 10, 11, 12, 18]
答案 1 :(得分:-1)
问题1)strip_seq1 = seq1 [1:len(seq)-1]和seq2相同,删除开头和结尾的(。)同时保留其间的所有内容。
问题2)我不确定你的要求,抱歉。