Question

我必须在R里面运行一个shell脚本。我考虑过使用R的system函数。

但是，我的脚本涉及source activate以及/ bin / sh shell中没有的其他命令。有没有办法可以使用/ bin / bash代替？

谢谢！

Answer 1

调用/bin/bash，并通过-c选项以下列方式之一传递命令：

system(paste("/bin/bash -c", shQuote("Bash commands")))
system2("/bin/bash", args = c("-c", shQuote("Bash commands")))

如果您只想运行Bash 文件，请提供shebang，例如：

#!/bin/bash -
builtin printf %q "/tmp/a b c"

并通过将脚本的路径传递给system函数来调用它：

system("/path/to/script.sh")

暗示当前用户/组有足够的permissions来执行脚本。

原理

之前我建议设置SHELL环境变量。但它可能不会起作用，因为R中system函数的实现调用the C function同名（参见src/main/sysutils.c）：

int R_system(const char *command)
{
    /*... */
    res = system(command);

和

system()库函数使用fork(2)创建子进程，该进程使用execl(3)执行命令中指定的shell命令，如下所示：

execl("/bin/sh", "sh", "-c", command, (char *) 0);

（请参阅man 3 system）

因此，您应该调用/bin/bash，并通过-c选项传递脚本正文。

测试

让我们使用特定于Bash的/tmp列出mapfile中的顶级目录：

test.R

script <- '
mapfile -t dir < <(find /tmp -mindepth 1 -maxdepth 1 -type d)
for d in "${dir[@]}"
do
  builtin printf "%s\n" "$d"
done > /tmp/out'

system2("/bin/bash", args = c("-c", shQuote(script)))

test.sh

Rscript test.R && cat /tmp/out

示例输出

/tmp/RtmpjJpuzr
/tmp/fish.ruslan
...

原始答案

尝试设置SHELL环境变量：

Sys.setenv(SHELL = "/bin/bash")
system("command")

然后，应使用指定的shell调用传递给system或system2函数的命令。

指定在R中使用哪个shell

1 个答案:

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