Question

我正在努力使用MiRLAB软件包的R教程，虽然我不确定问题是否与软件包的功能有关。

我想使用仅接受.csv文件的函数Pearson()。我已经完美地加载了一个文件，但是当我尝试了函数Pearson()时（MI，IDA和Lasso也是如此），出现了以下错误信息：

read.table出错（file = file，header = header，sep = sep，quote = 引用，：'file'必须是字符串或连接

dataset=read.csv("ArabPrueba1.csv", sep = ";")
cause= 3:23
effect= 24:44
pearson=Pearson(dataset,cause,effect)

有关如何更改文件或命令行以使其被函数识别的任何想法？可能是csv文件或其他问题？在本教程的示例中，文件直接从包中获取，因此不包括此方法。

提前谢谢

Answer 1

我终于解决了这个问题，即使它看起来不是一个干净的解决方案，但它确实有效。我想问题是一些额外的＆＃34;＆＃34;当我把它们带到控制台时，它被添加到原始文件中，因此我重写了文件并将最近创建的文件重新添加到控制台。

RNA <- read.table("RNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE)
tRNA <- t(RNA)
write.table(tRNA, file = "tRNA_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")
tRNAt <- read.csv("tRNA_2.csv")

miRNA <- read.table("miRNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE)
tmiRNA <- t(miRNA)
write.table(tmiRNA, file = "tmiRNAt.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")
tmiRNAt <- read.csv("tmiRNAt.csv")

dataset <- cbind2(x=tmiRNAt, y = tRNAt)
write.table(dataset, file = "dataset_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")

# MiRLAB:
library(miRLAB)
cause = 1:278
effect = 279:length(dataset)
ps = Pearson("dataset_2.csv", cause = cause, effect = effect)

我知道写这么多次不是一个好主意，但事实上它的工作方式更好（完全有效）。

感谢您的帮助！

Answer 2

这是一个例子：

# working:
# create csv file with "," seprator
write.table(x = mtcars, file = "data.csv", sep = ",", row.names = F)
Pearson(datacsv = "data.csv", cause = 2:3, effect = 3:4)

#           cyl      disp
#disp 0.9020329 1.0000000
#hp   0.8324475 0.7909486


# not work:
# create csv file with ";" seprator
write.table(x = mtcars, file = "data1.csv", sep = " ; ", row.names = F, col.names = F)
Pearson(datacsv = "data1.csv", cause = 2:3, effect = 3:4)

内部read.csv使用默认的seprator＆＃34;，＆＃34; 只需更改文件并用逗号替换所有分号

错误R csv：read.table出错（file = file，header = header，sep = sep，quote = quote，：'file'必须是字符串或连接

2 个答案: