当代码在库中时，do.call错误“第二个参数必须是S4Vectors的列表”

Question

这是在另一个问题的背景下提出的一个问题： Extract and paste together multiple columns of a data frame like object using a vector of column names

我收到了基于do.call用法的答案，当代码是库的一部分时，该答案似乎不起作用，但在作为主脚本的一部分实现时效果很好。

这是我尝试制作一个简化的例子：

档案example.do.call.R：

library(S4Vectors)
library(test.package)
data <- DataFrame(A=letters[1:6], B=LETTERS[1:6])

test_do_paste <- function(data) {
    groups <- c("A", "B")
    combined_letters <- do.call(paste, data[groups])
    print(combined_letters)
}

test_do_paste(data)
#test.package::test_do_paste(data)

我根据https://hilaryparker.com/2014/04/29/writing-an-r-package-from-scratch/组织和安装的软件包中存在相同的test_do_paste函数作为单个函数。

如上所述运行Rscript example.do.call.R时，我获得了预期的结果：

[1] "a A" "b B" "c C" "d D" "e E" "f F"

但是，如果我切换到注释版本（使用库中的函数），我会收到以下错误：

Error in do.call(paste, data[groups]) : second argument must be a list
Calls: <Anonymous> -> do.call
Execution halted

我的问题是：

1. 为什么？

2. 如何避免错误？

一些调查

我使用普通data.frame代替DataFrame

在这种情况下，错误不会发生。

请注意，在我的实际应用程序中，我实际上使用的是比DataFrame更复杂的对象，但是有一个colData函数可以从此对象中提取DataFrame。

如果能够将此问题进一步转换为正常data.frame，也许有办法解决问题。

as.data.frame实际上是这样做的，所以问题2在我的案例中至少有这个解决方案。

我在函数

中插入了print(class(data[groups]))

在这两种情况下，我都会得到以下结果：

[1] "DataFrame"
attr(,"package")
[1] "S4Vectors"

所以，显然，即使在有效的情况下，我作为do.call的第二个参数提供的对象也不是列表。

我在函数中插入了print(do.call)。

从库中运行时，我只获得几行：

function (what, args, quote = FALSE, envir = parent.frame())
{
    if (!is.list(args)) 
        stop("second argument must be a list")
    if (quote) 
        args <- lapply(args, enquote)
    .Internal(do.call(what, args, envir))
}
<bytecode: 0x1b7cdd8>
<environment: namespace:base>

但是当在脚本中运行时，还有更多的输出：

function (what, args, quote = FALSE, envir = parent.frame()) 
standardGeneric("do.call")
<environment: 0x1d8c568>
attr(,"generic")
[1] "do.call"
attr(,"generic")attr(,"package")
[1] "BiocGenerics"
attr(,"package")
[1] "BiocGenerics"
attr(,"group")
list()
attr(,"valueClass")
character(0)
attr(,"signature")
[1] "what" "args"
attr(,"default")
Method Definition (Class "derivedDefaultMethod"):

function (what, args, quote = FALSE, envir = parent.frame()) 
{
    if (!is.list(args)) 
        stop("second argument must be a list")
    if (quote) 
        args <- lapply(args, enquote)
    .Internal(do.call(what, args, envir))
}
<bytecode: 0x1d8e660>
<environment: namespace:base>

Signatures:
        what 
target  "ANY"
defined "ANY"
attr(,"skeleton")
(function (what, args, quote = FALSE, envir = parent.frame()) 
{
    if (!is.list(args)) 
        stop("second argument must be a list")
    if (quote) 
        args <- lapply(args, enquote)
    .Internal(do.call(what, args, envir))
})(what, args, quote, envir)
attr(,"class")
[1] "standardGeneric"
attr(,"class")attr(,"package")
[1] "methods"

这提出了更多问题：

1. 为什么会出现这种差异？

2. 可以解释“库”案例中的错误吗？