Question

我想合并来自不同文件夹的数据。因此，我首先在当前工作目录中创建一个包含所有地图名的对象（使用list.dirs（））。然后我在每个地图中查找特定的文件名（我的模式）。问题是当文件不包含此特定字符串时，list.files（）会出错。

(Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") : cannot open file 'NA': No such file or directory).

当我只选择我知道包含模式的地图时，代码可以正常工作。

有人知道如何制作list.files（）忽略一个不包含特定模式的路径吗？

这是我的代码：

GS.dir<- list.dirs(path = ".",  recursive = TRUE)
ligustrum <- c()

    for (j in 1:length(GS.dir)){          
        files <- list.files(GS.dir[j], pattern = glob2rx("li*Avg.txt"), full.names = TRUE)
        if(!is.null(files)){
            for (i in 1:length(files)){
                plot <- read.table(files[i], header = TRUE, sep = ",")
                datum <- substr(files[i], 1, 8)
                nummer <- substr(files[i], nchar(files[i]) - 7, nchar(files[i]) - 7)
                plot.date <- data.frame("Date" = rep(datum, length(plot[,1])), 
                                        "plotnr"=rep(nummer,length(plot[,1])), 
                                         plot
                                        )
                ligustrum <- rbind(ligustrum, plot.date)
            }
        } else {
            ligustrum <- ligustrum
        }
     }

    write.table(ligustrum, "ligustrum.txt", sep = ";", row.names = FALSE)

Answer 1

GS.dir<- list.dirs(path = ".", recursive = TRUE)列出了"."下的所有文件。当您再次致电list.files()时，您的脚本会执行大量不必要的工作。例如，list.files("./mydir/subdir/subsubdir/file.txt")将返回character(0)。我的意见是，你已经在第一行代码中获得了所需的一切。然后你可以通过regexpr：

将这个路径向量子集化

GS.files <- list.dirs(path = ".",  recursive = TRUE)
files <- GS.files[grepl("li*Avg.txt", GS.files)]

之后，使用dplyr或data.table代替嵌套循环可能更容易完成工作。

[upd]

require(dplyr)

data.frame(files = list.files(recursive = T)) %>%
        filter(grepl("li(.)*Avg.txt",files)) %>%
        mutate(files = as.character(files)) %>%
        group_by(files) %>%
        mutate(datum = substr(substr(files, 
                                     max(gregexpr("/",files)[[1]])+1, 
                                     nchar(files)
                                     ), 1, 8),
               nummer = substr(files, nchar(files) - 7, nchar(files) - 7)) %>%
        do(data.frame(datum = as.Date(.$datum, format = "%Y%m%d"),
                      nummer = as.numeric(.$nummer), 
                      read.table(.$files, T))) %>%
        arrange(datum, nummer, files) %>%
        write.table(.,file = "ligstrum.txt", sep = ";", row.names = F)

list.files（）可以忽略R中不包含模式的路径吗？

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